PDB-3f0m: Crystal structure of radical D105N Synechocystis sp. PcyA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f0m

タイトル

Crystal structure of radical D105N Synechocystis sp. PcyA

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / RADICAL CHEMISTRY

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kohler, A.C. / Gae, D.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for hydration dynamics in radical stabilization of bilin reductase mutants.
著者: Kohler, A.C. / Gae, D.D. / Richley, M.A. / Stoll, S. / Gunn, A. / Lim, S. / Martin, S.S. / Doukov, T.I. / Britt, R.D. / Ames, J.B. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2008年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f0m.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f0m.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0lC 3nb8C 3nb9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ajh-2 2d1e-d 3f0l-d 3i95-d 3i94-d 4ws2-d 4qcd-d 3ajg-1 2g18-10 1ya3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.940, 95.158, 42.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28155.172 Da / 分子数: 1 / 変異: D105N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 1.45M Ammonium sulfate, 0.15M NaCl, 0.1M Cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.978

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月31日

放射

モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 145803 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / D res high: 1.483 Å / D res low: 95.783 Å / Num. obs: 46021 / % possible obs: 97.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.71	95.78	85.1	1	0.056	0.056	3.4
4.74	6.71	96.5	1	0.062	0.062	4
3.87	4.74	96.4	1	0.07	0.07	4
3.35	3.87	97.5	1	0.077	0.077	3.6
3	3.35	99.5	1	0.082	0.082	3.9
2.74	3	99.8	1	0.088	0.088	4
2.54	2.74	99.9	1	0.095	0.095	4.1
2.37	2.54	100	1	0.097	0.097	4
2.24	2.37	99.6	1	0.104	0.104	3.5
2.12	2.24	98	1	0.107	0.107	3.2
2.02	2.12	98	1	0.122	0.122	3.1
1.94	2.02	97.9	1	0.13	0.13	3
1.86	1.94	98.1	1	0.159	0.159	3
1.79	1.86	98.8	1	0.188	0.188	3
1.73	1.79	98.3	1	0.236	0.236	3
1.68	1.73	98.6	1	0.289	0.289	2.9
1.63	1.68	98.3	1	0.331	0.331	2.8
1.58	1.63	97.4	1	0.37	0.37	2.7
1.54	1.58	95.7	1	0.44	0.44	2.6
1.5	1.54	90.5	1	0.552	0.552	2.5

反射

解像度: 1.5→42.56 Å / Num. obs: 46971 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / % possible all: 90.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→42.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.612 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2266	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.176	45327	96.5 %	-
all	-	46971	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1934	0	71	284	2289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.943	2.004	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.613	24.536	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.285	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.141	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.094	1.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.847	2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.885	3	856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.661	4.5	823
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	138	-
R_work	0.239	2896	-
obs	-	-	87.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4741	-0.0625	-0.0473	0.1164	0.0387	0.0788	0.0111	0.011	-0.0025	0.0016	-0.0047	-0.0174	-0.0118	-0.0144	-0.0064	-0.0128	0.0019	0.0025	-0.0051	-0.0057	-0.0156	-9.4628	-27.1556	18.3411
2	3.9952	-1.1185	3.3707	0.3267	-1.0494	3.6685	-0.0713	0.0603	0.0459	-0.0407	-0.0117	-0.1484	-0.0162	0.0606	0.083	-0.0066	0.0046	0.0098	0.0257	-0.0069	0.0127	-0.0454	-27.2582	20.0253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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