PDB-3f0l: Crystal structure of oxidized D105N Synechocystis sp. PcyA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f0l

タイトル

Crystal structure of oxidized D105N Synechocystis sp. PcyA

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / RADICAL CHEMISTRY

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Kohler, A.C. / Gae, D.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for hydration dynamics in radical stabilization of bilin reductase mutants.
著者: Kohler, A.C. / Gae, D.D. / Richley, M.A. / Stoll, S. / Gunn, A. / Lim, S. / Martin, S.S. / Doukov, T.I. / Britt, R.D. / Ames, J.B. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2008年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f0l.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f0l.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f0l_validation.pdf.gz	798.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f0l_full_validation.pdf.gz	802.9 KB	表示
XML形式データ	3f0l_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3f0l_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0mC 3nb8C 3nb9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i95-d 3ajh-2 3f0m-d 3i8u-d 3i94-d 2d1e-d 3nb9-d 2g18-10 4eoc-d 3nb8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.845, 95.554, 42.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28155.172 Da / 分子数: 1 / 変異: D105N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 1.45M Ammonium sulfate, 0.15M NaCl, 0.1M Aacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.978

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月31日

放射

モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.1 % / Av σ(I) over netI: 8.9 / 数: 286749 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / D res high: 1.3 Å / D res low: 23.682 Å / Num. obs: 69979 / % possible obs: 97.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.81	23.68	89.8	1	0.04	0.04	6.8
4.11	5.81	96.2	1	0.038	0.038	7
3.36	4.11	97.5	1	0.036	0.036	7.2
2.91	3.36	97.9	1	0.04	0.04	7.4
2.6	2.91	98.6	1	0.047	0.047	7.4
2.37	2.6	99.1	1	0.054	0.054	7.3
2.2	2.37	99.5	1	0.062	0.062	6.6
2.06	2.2	99.3	1	0.069	0.069	6.1
1.94	2.06	99.3	1	0.076	0.076	5.7
1.84	1.94	99.1	1	0.089	0.089	5.3
1.75	1.84	94.5	1	0.1	0.1	4.6
1.68	1.75	98.2	1	0.113	0.113	4.1
1.61	1.68	97.8	1	0.136	0.136	3.9
1.55	1.61	97.9	1	0.167	0.167	3.8
1.5	1.55	98	1	0.207	0.207	3.6
1.45	1.5	97.6	1	0.129	0.129	1.8
1.41	1.45	97.4	1	0.143	0.143	1.7
1.37	1.41	97.5	1	0.167	0.167	1.6
1.33	1.37	96.7	1	0.204	0.204	1.6
1.3	1.33	95.4	1	0.207	0.207	1.6

反射

解像度: 1.3→39.62 Å / Num. obs: 72066 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / % possible all: 95.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→39.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.488 / SU ML: 0.031 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	3463	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.17	69947	97.1 %	-
all	-	72066	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1933	0	87	298	2318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	2.008	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.805	24.854	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.46	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.44	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.894	1.5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.573	2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.496	3	904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.859	4.5	865
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	227	-
R_work	0.26	4783	-
obs	-	-	94.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6859	-0.0212	-0.0136	0.1792	0.0645	0.1503	0.0092	0.0099	-0.015	0.0036	-0.0086	-0.0215	-0.0113	-0.0263	-0.0006	-0.0144	0.0035	0.0015	-0.0209	-0.0013	-0.0047	-9.482	-27.322	18.394
2	0.9202	-0.2426	-0.3259	1.4809	-0.3561	4.359	-0.0255	0.0759	-0.0988	-0.0226	0.0511	-0.0583	-0.0135	0.0067	-0.0257	-0.0113	0.0042	0.0016	-0.0193	0.0004	0.0431	-0.004	-27.264	20.281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	249

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)