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- PDB-3ey8: Structure from the mobile metagenome of V. Pseudocholerae. VPC_CASS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ey8
タイトルStructure from the mobile metagenome of V. Pseudocholerae. VPC_CASS1
要素Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase III-related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Integron Cassette protein / Dioxygenase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase III-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Chang, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. ...Harrop, S.J. / Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Chang, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure from the mobile metagenome of V. Pseudocholerae. VPC_CASS1
著者: Harrop, S.J. / Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Chang, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2008年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase III-related protein
B: Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase III-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1184
ポリマ－29,9262
非ポリマー1922
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.851, 62.087, 98.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase III-related protein


分子量: 14963.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_A0328, VC_A0341, VC_A0463 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9K3D3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 25% Peg 3350 0.2M LiSo4 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月7日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.23 Å / Num. obs: 27068 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.5 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 17.4 / Num. unique all: 1755 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 38.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EY7

3ey7


解像度: 1.6→26.228 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 2602 5.14 %RANDOM
Rwork0.1563 ---
obs0.1579 27025 83.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.508 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2070 0 10 320 2400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.62920.2457660.1603922X-RAY DIFFRACTION31
1.6292-1.66050.2691550.14261167X-RAY DIFFRACTION39
1.6605-1.69440.1478940.13671431X-RAY DIFFRACTION48
1.6944-1.73130.1912850.15131773X-RAY DIFFRACTION59
1.7313-1.77150.18131040.14692281X-RAY DIFFRACTION74
1.7715-1.81580.17751450.15932784X-RAY DIFFRACTION93
1.8158-1.86490.21661530.15972771X-RAY DIFFRACTION92
1.8649-1.91980.20551750.16942812X-RAY DIFFRACTION94
1.9198-1.98170.23311500.162853X-RAY DIFFRACTION94
1.9817-2.05250.19531760.14632824X-RAY DIFFRACTION94
2.0525-2.13470.20341380.14852892X-RAY DIFFRACTION95
2.1347-2.23180.20321370.14592910X-RAY DIFFRACTION96
2.2318-2.34940.1821550.152893X-RAY DIFFRACTION96
2.3494-2.49640.19241380.15422945X-RAY DIFFRACTION96
2.4964-2.6890.17611600.16682919X-RAY DIFFRACTION97
2.689-2.95930.19781640.1712937X-RAY DIFFRACTION97
2.9593-3.38670.19041910.15612939X-RAY DIFFRACTION98
3.3867-4.2640.13771760.12912978X-RAY DIFFRACTION99
4.264-26.23160.16841400.15763022X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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