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万見
- PDB-3ewp: complex of substrate ADP-ribose with IBV Nsp3 ADRP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewp
タイトルcomplex of substrate ADP-ribose with IBV Nsp3 ADRP domain
要素Non-structural protein 3
キーワードHYDROLASE / Globular like / Cytoplasm / Membrane / Metal-binding / Protease / Ribosomal frameshifting / RNA-binding / Thiol protease / Transmembrane / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane ...viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. ...Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Avian infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, Y. / Cong, L. / Chen, C. / Wei, L. / Zhao, Q. / Xu, X. / Ma, Y. / Bartlam, M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of two coronavirus ADP-ribose-1''-monophosphatases and their complexes with ADP-Ribose: a systematic structural analysis of the viral ADRP domain.
著者: Xu, Y. / Cong, L. / Chen, C. / Wei, L. / Zhao, Q. / Xu, X. / Ma, Y. / Bartlam, M. / Rao, Z.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5274
ポリマ－38,4092
非ポリマー1,1192
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7642
ポリマ－19,2041
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7642
ポリマ－19,2041
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.364, 43.985, 49.266
Angle α, β, γ (deg.)78.25, 79.45, 73.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 3 / nsp3 / Papain-like proteinase / PL-PRO / p195


分子量: 19204.291 Da / 分子数: 2 / 断片: Nsp3 ADRP domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
遺伝子: 1a / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0C6V5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.12M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% w/v PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22223 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.299
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 68291 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.249 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1060 5.2 %RANDOM
Rwork0.17557 ---
obs0.17846 19345 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0.02 Å20.05 Å2
2---0.03 Å2-0.02 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 72 200 2905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9161.9913714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8825338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87124.495109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88815452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.196158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21872
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0561.51742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61222714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43331147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5084.51000
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 58 -
Rwork0.202 1231 -
obs--80.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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