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- PDB-3ew0: The novel 2Fe-2S outer mitochondrial protein mitoNEET displays co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ew0
タイトルThe novel 2Fe-2S outer mitochondrial protein mitoNEET displays conformational flexibility in its N-terminal cytoplasmic tethering domain
要素CDGSH iron sulfur domain-containing protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / mitochondrial outer membrane / 2Fe-2S proteins / isotopic labeling / highyield expression / Iron / Iron-sulfur / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Mitochondrion outer membrane / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion ...protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron sulphur domain-containing, mitoNEET, N-terminal / Iron-containing outer mitochondrial membrane protein N-terminus / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1/2 / Iron-binding zinc finger CDGSH type / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Conlan, A.R. / Paddock, M.L. / Wiley, S. / Axelrod, H.L. / Cohen, A.E. / Abresch, E.C. / Roy, M. / Nechushtai, R. / Jennings, P.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: The novel 2Fe-2S outer mitochondrial protein mitoNEET displays conformational flexibility in its N-terminal cytoplasmic tethering domain.
著者: Conlan, A.R. / Paddock, M.L. / Axelrod, H.L. / Cohen, A.E. / Abresch, E.C. / Wiley, S. / Roy, M. / Nechushtai, R. / Jennings, P.A.
履歴
登録2008年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDGSH iron sulfur domain-containing protein 1
B: CDGSH iron sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9134
ポリマ－18,5612
非ポリマー3522
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.737, 48.476, 59.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CDGSH iron sulfur domain-containing protein 1 / MitoNEET


分子量: 9280.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-108, WATER-SOLULE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C10orf70, CISD1, MDS029, ZCD1
プラスミド: modified pET28-a(+) vector (Novagen) that contained the superfolder GFP cDNA
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL-21(DE3/pET-24d) / 参照: UniProt: Q9NZ45
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: Crystallization Droplets: 100 mM Tris HCl (pH 8.0), 100 mM NaCl, and 16-18% PEG 3000. Reservoir conditions: 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM NaCl, and 30 32% PEG 3000 in the reservoir., VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月12日 / 詳細: Kohzu Dual Double Crystal Monochromator (DDCM)
放射モノクロメーター: double Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.55 Å / Num. all: 26874 / Num. obs: 26874 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QH7

2qh7


解像度: 1.4→38.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 2.027 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24064 1371 5.1 %RANDOM
Rwork0.19838 ---
obs0.20047 25476 91.34 %-
all-26847 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 8 164 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9281697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8453.0062088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8085161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.50624.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.52115213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.226155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4312772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.082314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71231237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5442493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6393451
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 79 -
Rwork0.252 1557 -
obs--76.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93473.33615.564.13966.67110.9060.12820.0507-0.08810.1670.1356-0.20230.21360.1913-0.26380.1462-0.0451-0.020.0567-0.02820.059732.4535.82623.2308
21.2088-0.2221-0.13031.64150.26131.8015-0.01660.0635-0.0091-0.0235-0.050.21050.0755-0.27140.06660.0362-0.0134-0.0160.0845-0.01970.07349.399-2.7225-14.3842
31.31660.1690.36341.80340.15952.28620.0021-0.063-0.09320.0327-0.01910.04130.1937-0.06530.01710.0184-0.00980.00820.0395-0.00210.043113.5056-6.0759-3.45
46.1165-0.4931-10.03473.4219-2.781735.30580.3403-0.24380.2194-0.03670.13120.0848-0.38350.6735-0.47150.0969-0.0706-0.03860.07280.02910.162343.4698-9.879-16.7179
52.27260.8893-1.47251.9015-0.05276.5482-0.0111-0.05720.00080.1125-0.0034-0.06240.02070.36660.01450.00920.0025-0.00730.0650.00070.047721.97020.74853.2526
61.41860.0154-0.75541.49160.18152.92630.0384-0.02050.1133-0.0554-0.05670.1063-0.2461-0.1520.01830.0240.0102-0.00790.0296-0.01820.059912.81526.0635-7.4319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4B29 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5B41 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6B56 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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