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- PDB-3es5: Crystal Structure of Partitivirus (PsV-F) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3es5
タイトルCrystal Structure of Partitivirus (PsV-F)
要素Putative capsid protein
キーワードVIRUS / Partitivirus / RNA virus / double stranded RNA virus / dsRNA virus / T=2 / "T=2" capsid / icosahedral virus
機能・相同性Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #60 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Putative capsid protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium stoloniferum virus F (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pan, J. / Dong, L. / Lin, L. / Ochoa, W.F. / Sinkovits, R.S. / Havens, W.M. / Nibert, M.L. / Baker, T.S. / Ghabrial, S.A. / Tao, Y.J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Atomic structure reveals the unique capsid organization of a dsRNA virus.
著者: Pan, J. / Dong, L. / Lin, L. / Ochoa, W.F. / Sinkovits, R.S. / Havens, W.M. / Nibert, M.L. / Baker, T.S. / Ghabrial, S.A. / Tao, Y.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination of the atomic structure of a Partitivirus by phase extension using EM map as model
著者: Pan, J.H. / Ghabrial, S.A. / Tao, Y.Z.J.
履歴
登録2008年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative capsid protein
B: Putative capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1792
ポリマ－93,1792
非ポリマー00
水00
1
A: Putative capsid protein
B: Putative capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,590,710120
ポリマ－5,590,710120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Putative capsid protein
B: Putative capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 466 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,89310
ポリマ－465,89310
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Putative capsid protein
B: Putative capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 559 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)559,07112
ポリマ－559,07112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Putative capsid protein
B: Putative capsid protein
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 466 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,89310
ポリマ－465,89310
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)459.266, 459.266, 459.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.309017, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.309017), (-0.5, 0.309017, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.309017), (0.5, -0.309017, 0.809017), (-0.30901699, 0.809017, 0.5)
4generate(-0.809017, 0.5, -0.309017), (-0.5, -0.30901699, 0.809017), (0.309017, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.809017, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.809017)

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要素

#1: タンパク質 Putative capsid protein


分子量: 46589.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Virus particles were produced in Penicillium stoloniferum ATCC 14586 (the strain name was not for the virus)
由来: (天然) Penicillium stoloniferum virus F (ウイルス)
株: ATCC 14586 (for the host of PsV-F) / 参照: UniProt: Q4G3H1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 100

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試料調製

結晶
ID
1
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2831蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.50.10 M Tris, 1.98 M Ammonium Sulfate, 0.10 M Potassium Fluoride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
2832蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.50.10 M Tris, 1.98 M Ammonium Sulfate, 0.10 M Sodium Tiocyanate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
2833蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.50.10 M Tris, 1.98 M Ammonium Sulfate, 0.10 M Sodium Acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12741
22741
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.9179
シンクロトロンCHESS F120.9179
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2007年1月1日24-inch Rh coated Si Monochromatic Mirrors (please check http://www.chess.cornell.edu/chess/east/F1.htm for details)
ADSC QUANTUM 42CCD2007年11月16日24-inch Rh coated Si Monochromatic Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu BlockSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu BlockSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91791
21
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 119427 / % possible obs: 75.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 4.08
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique all: 8783 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
RAVEモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: cryo-EM reconstruction (resolution: 7.8 A, start resolution: 10.0 A)

解像度: 3.3→48.96 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 5407 -RANDOM
Rwork0.248 ---
all-119586 --
obs-89413 74.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5919 0 0 0 5919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 904 -
Rwork0.332 --
obs-13571 72.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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