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- PDB-3erw: Crystal Structure of StoA from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3erw
タイトルCrystal Structure of StoA from Bacillus subtilis
要素Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like fold / ResA-like fold / disulfide / dithiol / stoa / Redox-active center / Sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


outer endospore membrane / sporulation resulting in formation of a cellular spore / antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Crow, A. / Liu, Y. / Moller, M.C. / Le Brun, N.E. / Hederstedt, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Functional Properties of Bacillus subtilis Endospore Biogenesis Factor StoA
著者: Crow, A. / Liu, Y. / Moller, M.C. / Le Brun, N.E. / Hederstedt, L.
履歴
登録2008年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
B: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
C: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
D: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
E: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
F: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A
G: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4397
ポリマ－115,4397
非ポリマー00
水1,76598
1
A: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4911
ポリマ－16,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.717, 133.717, 64.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 31:164 )
211chain B and (resseq 31:164 )
311chain C and (resseq 35:164 )
411chain D and (resseq 31:164 )
511chain E and (resseq 31:164 )
611chain F and (resseq 34:164 )
711chain G and (resseq 32:164 )

-
要素

#1: タンパク質
Sporulation thiol-disulfide oxidoreductase A / Stage IV sporulation protein H


分子量: 16491.352 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 22 to 164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 1a1 / 遺伝子: BSU13840, spoIVH, stoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O31687
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 27% PEG 2000, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.8. Cryoprotected with 20 % ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36.27 Å / Num. obs: 44319 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6023 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 83.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BP3モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BP3位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→36.274 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Twin refinement twinning fraction 0.36 twinning operator -k,-h-l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 4415 5.02 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1838 44319 97.99 %-
all-44319 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.266 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7640 0 0 98 7738
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1095X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1095X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
13C1060X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
14D1095X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
15E1086X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
16F1067X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
17G1088X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.54320.2652000.22663464X-RAY DIFFRACTION98
2.5432-2.58950.25811480.21433868X-RAY DIFFRACTION98
2.5895-2.63930.24861940.22083983X-RAY DIFFRACTION98
2.6393-2.69310.22312170.21484218X-RAY DIFFRACTION98
2.6931-2.75170.2252050.21824254X-RAY DIFFRACTION98
2.7517-2.81560.23532480.20314184X-RAY DIFFRACTION98
2.8156-2.8860.21132680.19074202X-RAY DIFFRACTION98
2.886-2.9640.23642340.1994326X-RAY DIFFRACTION98
2.964-3.05120.19842340.19194228X-RAY DIFFRACTION98
3.0512-3.14960.22462500.19534150X-RAY DIFFRACTION98
3.1496-3.26210.19572320.18484328X-RAY DIFFRACTION98
3.2621-3.39270.19222260.1764290X-RAY DIFFRACTION98
3.3927-3.54690.18642320.16974170X-RAY DIFFRACTION98
3.5469-3.73380.18772180.16064281X-RAY DIFFRACTION98
3.7338-3.96740.16722300.1554229X-RAY DIFFRACTION98
3.9674-4.27330.16221900.15274318X-RAY DIFFRACTION98
4.2733-4.70250.15972050.14824253X-RAY DIFFRACTION98
4.7025-5.38110.17332240.16494296X-RAY DIFFRACTION98
5.3811-6.77240.24242500.22184202X-RAY DIFFRACTION98
6.7724-36.27770.25261870.21054252X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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