PDB-3ers: Crystal Structure of E. coli Trbp111

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ers

タイトル

Crystal Structure of E. coli Trbp111

要素

tRNA-binding protein ygjH

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / oligonucleotide-oligosaccharide binding fold / RNA-binding / tRNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Swairjo, M.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Trbp111: a tructure specific tRNA binding protein
著者: Swairjo, M.A. / Morales, A.J. / Wang, C.-C. / Ortiz, A.R. / Schimmel, P.

履歴

登録	2008年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2008年12月2日	ID: 1PXF
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ers.cif.gz	35.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ers.ent.gz	24.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ers.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3ers ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3ers	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pybC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nfu-d 5zy5-1 1umw-2 4fyh-2 3bzi-d 1we1-1 6fw5-1 4hab-2 2yoz-d 3p37-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

X: tRNA-binding protein ygjH

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: tRNA-binding protein ygjH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.234, 41.234, 95.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	tRNA-binding protein ygjH 分子量: 13386.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ygjH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42589
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG1000, ammonium sulfate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 46662 / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 2.33 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 6791 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.3	20	97.7	1	0.031	3.647
3.42	4.3	99.4	1	0.033	2.848
2.99	3.42	100	1	0.037	2.721
2.71	2.99	99.9	1	0.044	2.587
2.52	2.71	100	1	0.053	2.385
2.37	2.52	100	1	0.065	2.12
2.25	2.37	100	1	0.07	2.059
2.15	2.25	99.9	1	0.083	1.831
2.07	2.15	100	1	0.102	1.631
2	2.07	100	1	0.112	1.571

反射

解像度: 1.87→19.83 Å / Num. all: 8245 / Num. obs: 8064 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.031

反射シェル

解像度: 1.87→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / R_sym value: 0.116 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.87→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / WR_factor R_free: 0.291 / WR_factor R_work: 0.222 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 3.618 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / SU R_free: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	374	4.6 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.22	8050	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.01 Å² / B_iso mean: 27.204 Å² / B_iso min: 8.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0.21 Å²	0 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	870	0	0	74	944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.142	1.997	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.142	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.02	25	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.621	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.563	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.282	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.3	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.5	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.287	0.3	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.332	0.5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.377	1.5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.003	2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.128	3	335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.672	4.5	281

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	24	-
R_work	0.22	548	-
all	-	572	-
obs	-	-	95.97 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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