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万見
- PDB-3er8: Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3er8
タイトルCrystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA
要素
  • Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
  • Poly(A) polymerase catalytic subunit
  • RNA/DNA chimera 5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3'
  • RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'
  • RNA/DNA chimera 5'-R(P*UP*UP*)D(C)-3'
キーワードTranscription / Transferase/DNA / RNA / Polyadenylate polymerase / translocation / single tranded RNA poly(A) polymerase / RNA protein complex / processivity / heterodimer / nucleotidyltransferase / poxvirus / Methyltransferase / mRNA capping / mRNA processing / S-adenosyl-L-methionine / Transferase / RNA COMPLEX / Transferase-DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / mRNA processing / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / methylation ...regulation of mRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / mRNA processing / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / methylation / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain ...Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase C-terminal domain / Poxvirus poly(A) polymerase N-terminal domain / mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / Poly(A) polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種vaccinia virus WR (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Polymerase Translocation with Respect to Single-Stranded Nucleic Acid: Looping or Wrapping of Primer around a Poly(A) Polymerase
著者: Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Sun, E. / Yoshizawa, J. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the vaccinia virus polyadenylate polymerase heterodimer: insight into ATP selecttivity and processivity
著者: Moure, C.M. / Bowman, B.R. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
C: Poly(A) polymerase catalytic subunit
D: Poly(A) polymerase catalytic subunit
E: RNA/DNA chimera 5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3'
F: RNA/DNA chimera 5'-R(P*UP*UP*)D(C)-3'
G: RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'
H: RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,3318
ポリマ－184,3318
非ポリマー00
水00
1
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
D: Poly(A) polymerase catalytic subunit
E: RNA/DNA chimera 5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3'
G: RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4554
ポリマ－92,4554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31480 Å2
手法PISA
2
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
C: Poly(A) polymerase catalytic subunit
F: RNA/DNA chimera 5'-R(P*UP*UP*)D(C)-3'
H: RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8764
ポリマ－91,8764
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.605, 77.241, 106.851
Angle α, β, γ (deg.)74.88, 74.00, 63.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / E.C.2.1.1.57 / Poly(A) polymerase regulatory subunit / Poly(A) polymerase small subunit / PAP-S / VP39


分子量: 34588.961 Da / 分子数: 2 / 変異: R140A,K142A,R143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPS, VACWR095, F9 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P07617, methyltransferase cap1
#2: タンパク質 Poly(A) polymerase catalytic subunit / E.C.2.7.7.19 / Poly(A) polymerase large subunit / PAP-L / VP55


分子量: 55574.125 Da / 分子数: 2 / 変異: L36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPL, VACWR057, E1L / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P23371, polynucleotide adenylyltransferase
#3: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA chimera 5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3'


分子量: 1434.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA chimera 5'-R(P*UP*UP*)D(C)-3'


分子量: 856.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA chimera 5'-D(P*CP*)R(UP*U)-3'


分子量: 856.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room ...詳細: proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2NaCl11
3DTT11
4PEG 400011
5glycerol11
6Tris-HCl12
7DTT12
8PEG 400012
9glycerol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 30650 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 3.18→3.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.18→38.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 603426.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Residues 27-32, 142-144 in chains A & B and residues 1-11, 118-129, 150-160 in chains C & D are disordered and not included in the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1492 5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.243 30120 --
obs0.243 30120 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL, BULK FLAT MODEL / Bsol: 49.8436 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.77 Å23.09 Å23.33 Å2
2---9.61 Å22.5 Å2
3---19.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12018 271 0 0 12289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.172.5
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 245 5.2 %
Rwork0.325 4453 -
obs--86.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep_1.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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