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- PDB-3eqt: Crystal structure of human LGP2 C-terminal domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eqt
タイトルCrystal structure of human LGP2 C-terminal domain in complex with dsRNA
要素
  • 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase DHX58
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / innate immunity / RIG-I-like helicases / viral RNA detection / LGP2-dsRNA complex / ATP-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Helicase / Hydrolase / Immune response / Nucleotide-binding / Polymorphism / RNA-binding / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of type I interferon production / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / antiviral innate immune response / negative regulation of innate immune response ...positive regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of type I interferon production / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / antiviral innate immune response / negative regulation of innate immune response / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to bacterium / response to virus / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / ATP-dependent RNA helicase DHX58
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, P. / Li, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The RIG-I-like Receptor LGP2 Recognizes the Termini of Double-stranded RNA
著者: Li, X. / Ranjith-Kumar, C.T. / Brooks, M.T. / Dharmaiah, S. / Herr, A.B. / Kao, C. / Li, P.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DHX58
B: ATP-dependent RNA helicase DHX58
C: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6826
ポリマ－38,5524
非ポリマー1312
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.458, 54.191, 67.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DHX58 / Probable ATP-dependent helicase LGP2 / Protein D11Lgp2 homolog


分子量: 16719.178 Da / 分子数: 2 / 断片: LGP2 C-terminal domain (UNP residues 541 to 678) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D11LGP2E, DHX58, LGP2 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96C10, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2556.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized RNA
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 16-18% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl buffer, protein concentration 30 mg/ml, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
10.2 M ammonium sulfate11
2PEG335011
30.2 M ammonium sulfate12
4PEG335012

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月26日 / 詳細: Osmic High Flux
放射モノクロメーター: Osmic High Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 28240 / Num. obs: 28126 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 0.462
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2769 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2QFB

2qfb


解像度: 2→50 Å / 交差検証法: Rfree, throghout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1309 -random
Rwork0.213 ---
obs0.214 27234 96.4 %-
all-28299 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 338 2 215 2721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.43
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 47 -
Rwork0.315 --
obs-825 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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