PDB-3epz: Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3epz

タイトル

Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1

要素

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / WINGED HELIX DOMAIN / SH3-LIKE BARREL / CELL CYCLE / METAL BINDING / DNA BINDING / DNA REPLICATION / TRANSCRIPTIONAL SILENCING / CHROMATIN / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / EPIGENETICS ZINC / ZINC-FINGER / Methyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / S-adenosyl-L-methionine / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The replication focus targeting sequence (RFTS) domain is a DNA-competitive inhibitor of Dnmt1.
著者: Syeda, F. / Fagan, R.L. / Wean, M. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Dhe-Paganon, S. / Brenner, C.

履歴

登録	2008年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3epz.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3epz.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3epz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3epz_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3epz_full_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示
XML形式データ	3epz_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	3epz_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1ppy-d 1iq4-1 3ofs-6 4xjt-d 4xjs-d 4lg3-2 2fgj-1 5ocl-1 4q6s-d 5to8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (27)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.544, 59.768, 96.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Dnmt1 / MCMT / DNA methyltransferase HsaI / DNA MTase HsaI / M.HsaI / CXXC-type zinc finger protein 9

分子量: 30415.188 Da / 分子数: 2 / 断片: REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM, CXX9, CXXC9, DNMT, DNMT1 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P26358, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.77 % / 解説: DATA SET USED FOR PHASING WAS COLLECTED AT 0.97937
結晶化	温度: 298 K / pH: 6 詳細: 23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 MM CCD QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28832 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6849
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / R_sym value: 0.979 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.31→48.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 14.965 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26413	1473	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21299	-	-	-
obs	0.21559	27330	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	-0.51 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3438	0	21	91	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.978	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.646	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.697	25.232	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.684	15	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.841	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.411	1.5	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.792	2	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.364	3	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.116	4.5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	103	-
R_work	0.292	1908	-
obs	-	-	95.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0691	-0.7358	0.1835	8.7927	2.4146	7.924	-0.1545	-1.0454	0.1481	1.024	-0.0361	0.182	0.6037	-0.8256	0.1906	0.1949	-0.0119	0.0132	0.2729	-0.0209	0.1698	32.9509	14.1056	108.3979
2	4.185	-0.0664	0.5027	3.2725	-1.0963	9.5483	0.1067	-0.8393	-0.0147	0.5277	-0.0543	-0.215	-0.1756	0.5637	-0.0524	0.2419	-0.0352	-0.0389	0.2661	-0.0279	0.2844	43.3521	16.0731	108.0479
3	3.4554	2.6686	2.1509	3.7043	1.564	1.3481	-0.3119	-0.1836	0.3956	-0.2485	0.0373	-0.1477	-0.2185	-0.1273	0.2746	0.1804	-0.0284	-0.0031	0.2042	0.0423	0.3099	45.9939	21.1345	87.6727
4	6.1225	-3.3832	-3.3377	5.9416	1.4551	11.528	-0.2246	0.7828	-0.1332	-1.0847	-0.0502	-0.3826	0.1234	1.1631	0.2748	0.3738	-0.1525	0.1225	0.444	0.0082	0.3235	45.5307	18.1689	74.1829
5	1.9816	-0.6104	-0.4393	1.8561	-0.0598	1.8439	-0.0461	0.1447	0.0373	-0.2174	0.0074	-0.1333	-0.0008	-0.0248	0.0387	0.1591	-0.0221	0.008	0.2076	0.0113	0.2318	41.233	9.5627	92.9594
6	4.5936	1.0697	0.7756	4.4925	-0.1889	0.8156	-0.1461	0.352	-0.0665	-0.3198	0.0267	-0.2798	0.0425	0.0772	0.1194	0.2211	-0.0013	0.0032	0.2183	0.0014	0.1967	40.1013	9.873	89.8847
7	2.5174	0.612	0.9352	3.8334	-1.2196	2.3176	0.011	0.1149	-0.2239	-0.3721	0.0091	-0.3278	0.2381	0.2188	-0.0201	0.163	-0.0087	0.0428	0.2209	0.0044	0.2084	42.1119	5.8969	86.7175
8	2.0062	1.9835	-0.108	3.2549	0.8113	1.1704	0.0304	0.061	-0.0481	0.0222	-0.0546	-0.1884	0.0192	0.0674	0.0242	0.1345	0.0454	-0.0101	0.2112	0.021	0.2925	43.7914	-1.6329	96.097
9	2.4122	1.8418	0.6555	4.6399	0.7146	2.8041	-0.0613	0.159	-0.1698	-0.2226	-0.0256	-0.2711	0.189	-0.0046	0.0869	0.1101	0.0487	0.0648	0.1935	-0.0272	0.2926	43.7172	-14.7102	92.0284
10	4.6923	1.578	1.3236	5.7001	-2.7653	7.4989	-0.1599	-0.2696	0.236	0.2297	0.1992	0.0218	-0.0511	-0.4565	-0.0394	0.1978	-0.0125	0.0346	0.1887	-0.0091	0.2453	32.0416	-12.2172	97.7869
11	4.1348	-1.3375	1.6839	9.2944	-3.4356	1.8577	-0.1201	0.4311	0.3611	-0.3361	0.0442	0.1211	-0.0514	-0.1565	0.0759	0.2614	0.0326	0.0312	0.4246	0.0062	0.2564	27.2504	-12.1749	85.9291
12	2.2423	-0.7132	2.3844	2.6396	-2.9249	8.727	-0.1089	0.1296	-0.1593	0.0165	0.0919	-0.0852	0.3292	0.0902	0.017	0.1688	-0.0197	0.0171	0.2113	-0.0114	0.2351	30.2092	-21.5261	99.1104
13	3.9467	-3.5355	-3.8618	11.9852	1.1423	8.1535	-0.0808	0.0037	-0.6055	-0.4231	-0.2473	-0.5685	0.6344	0.6642	0.3281	0.2586	0.0185	0.0019	0.3006	-0.0411	0.3673	36.1876	-25.3605	103.5648
14	5.7753	-4.5068	-4.0197	4.1386	1.4476	7.5056	-0.205	0.7164	-0.7293	0.0758	-0.4383	0.4552	0.543	-0.9095	0.6433	0.5758	-0.0571	-0.2028	0.1546	-0.0405	0.3424	21.2681	7.1494	41.5556
15	12.3046	-7.8753	-1.1401	6.4016	0.1308	0.3961	0.4075	0.4149	-0.6193	0.832	-0.2544	1.0986	-0.6007	-0.0578	-0.1532	1.1971	-0.0065	0.2368	0.2508	-0.0043	0.6743	12.002	19.7984	41.567
16	4.7103	1.0307	-2.0645	4.6504	0.452	2.8393	0.3201	0.3249	0.2569	0.0505	0.0231	0.6668	-0.7421	-0.1033	-0.3432	0.5898	0.1451	0.0105	0.1516	0.0061	0.2411	17.8758	38.414	51.4452
17	1.015	0.6832	-2.1283	6.6919	-0.1359	4.9864	-0.1646	0.0715	-0.0081	-0.5559	0.2093	-0.2238	-0.0225	-0.3132	-0.0448	0.4934	0.0725	-0.0688	0.2109	0.035	0.0449	21.2378	20.3182	50.6407
18	4.2486	-0.5492	0.3265	4.7083	2.2009	5.2181	0.041	0.1276	0.0565	-0.0481	-0.11	0.8468	-0.6953	-0.6442	0.0691	0.4932	0.1072	-0.0802	0.1205	0.0439	0.2355	14.7522	33.8661	53.8113
19	1.2447	1.5878	0.6558	8.8241	-2.4254	2.051	0.0846	-0.2537	-0.0679	0.4187	0.2451	0.5968	-0.3493	-0.4224	-0.3297	0.5178	0.1117	-0.0712	0.1699	0.027	0.103	19.3338	29.0277	60.9658
20	1.4046	0.0378	0.5679	8.345	-5.6799	6.0256	0.0447	-0.0886	0.0878	-0.3864	0.3718	0.8225	0.1033	-1.0594	-0.4166	0.3328	-0.01	-0.1813	0.3444	0.0163	0.1545	10.8067	18.7093	56.5103
21	4.7459	1.7272	0.6645	2.208	-1.0442	9.8671	-0.0266	-0.1136	0.0764	-0.2268	-0.1378	0.3695	-0.1046	-0.315	0.1644	0.2385	0.0283	-0.0104	0.2465	0.0044	0.2265	19.7704	18.9601	69.4394
22	4.305	0.7685	-0.3059	0.9502	-0.8542	4.6672	0.0236	0.1355	0.301	0.0747	-0.0195	0.3833	-0.6168	-0.4167	-0.004	0.192	0.0796	-0.0047	0.2777	-0.0014	0.1956	18.2426	20.3156	79.1862
23	0.9101	-1.2447	-2.7558	1.735	3.8707	8.664	0.3737	0.5852	-0.2213	-0.3396	-0.8672	0.2178	-0.7104	-2.2677	0.4934	0.1669	-0.0438	-0.1962	1.156	0.2694	0.2756	9.4914	14.5781	69.885
24	5.3322	1.3616	1.6019	6.0618	-0.1957	6.7923	0.1358	0.3328	-0.0058	-0.3541	-0.0813	-0.3699	0.3384	0.1902	-0.0545	0.2557	0.0493	0.0026	0.2556	0.0735	0.1025	26.2564	13.2835	70.2494
25	8.3536	-1.1931	1.3399	5.7538	-1.7764	3.6248	-0.4636	0.2676	0.2396	-0.4555	0.4912	-0.2021	-0.492	-0.2994	-0.0276	0.2169	-0.0384	-0.0026	0.265	0.007	0.145	30.2139	16.78	79.4043
26	6.614	1.1383	-2.5765	6.0076	-2.563	1.7779	-0.044	1.0246	0.1108	-0.7963	0.0671	-0.0317	0.3161	-0.3454	-0.023	0.2431	0.0677	0.0413	0.3215	0.0157	0.3367	32.9672	4.9619	74.7169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	350 - 359
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	360 - 369
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	370 - 378
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	379 - 390
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	401 - 427
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	428 - 447
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	451 - 488
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	489 - 515
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	516 - 549
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	550 - 563
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	564 - 581
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	582 - 592
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	593 - 599
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	342 - 360
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	361 - 372
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	373 - 408
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	409 - 435
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	436 - 463
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	464 - 488
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	489 - 505
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	506 - 514
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	515 - 536
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	537 - 548
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	549 - 568
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	569 - 587
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	588 - 597

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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