PDB-3epy: Crystal Structure of human acyl-CoA binding domain 7 complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3epy

タイトル

Crystal Structure of human acyl-CoA binding domain 7 complexed with palmitoyl-Coa

要素

Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / ACYL-COA BINDING PROTEIN / FATTY ACID / LIPID METABOLISM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty-acyl-CoA binding / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / lipid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Kavanagh, K.L. / Salah, E. / Yue, W.W. / Savitsky, P. / Murray, J.W. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of human acyl-CoA binding domain 7 complexed with palmitoyl-Coa
著者: Kavanagh, K.L. / Salah, E. / Yue, W.W. / Savitsky, P. / Murray, J.W. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3epy.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3epy.ent.gz	67.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3epy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3epy_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3epy_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3epy_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	3epy_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cb8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2770 4wn4-d 7btc-d 1kzq-d 1kyq-2 4ud7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
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クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
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セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

B: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

ヘテロ分子

21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

B: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

B: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.515, 27.922, 60.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and backbone and resid 3:16
2	1	1	chain B and backbone and resid 3:16
1	1	2	chain A and sidechain and resid 3:16
2	1	2	chain B and sidechain and resid 3:16
1	1	3	chain A and backbone and resid 17:29
2	1	3	chain B and backbone and resid 17:29
1	1	4	chain A and sidechain and resid 17:29
2	1	4	chain B and sidechain and resid 17:29
1	1	5	chain A and backbone and resid 30:41
2	1	5	chain B and backbone and resid 30:41
1	1	6	chain A and sidechain and resid 30:41
2	1	6	chain B and sidechain and resid 30:41
1	1	7	chain A and backbone and resid 42:57
2	1	7	chain B and backbone and resid 42:57
1	1	8	chain A and sidechain and resid 42:57
2	1	8	chain B and sidechain and resid 42:57
1	1	9	chain A and backbone and resid 58:65
2	1	9	chain B and backbone and resid 58:65
1	1	10	chain A and sidechain and resid 58:65
2	1	10	chain B and sidechain and resid 58:65
1	1	11	chain A and backbone and resid 66:80
2	1	11	chain B and backbone and resid 66:80
1	1	12	chain A and sidechain and resid 66:80
2	1	12	chain B and sidechain and resid 66:80
1	1	13	chain A and backbone and resid 81:88
2	1	13	chain B and backbone and resid 81:88
1	1	14	chain A and sidechain and resid 81:88
2	1	14	chain B and sidechain and resid 81:88

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

詳細

DIMER

#1: タンパク質	Acyl-CoA-binding domain-containing protein 7 分子量: 9892.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACBD7 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N6N7
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97243 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月26日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. all: 12725 / Num. obs: 12725 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1834 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2cb8

2cb8

解像度: 2.005→24.126 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2572	631	5.09 %	random
R_work	0.2032	-	-	-
all	0.2059	-	-	-
obs	0.2059	12400	96.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.568 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.005→24.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1296	0	94	86	1476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.075

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	56	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	56	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
2	1	A	41	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	41	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.361
3	1	A	52	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	52	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
4	1	A	49	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	49	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.246
5	1	A	48	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	48	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
6	1	A	46	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	46	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.124
7	1	A	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
8	1	A	53	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	53	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.159
9	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
10	1	A	30	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	30	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.223
11	1	A	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	B	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
12	1	A	41	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	B	41	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.189
13	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
14	1	A	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
14	2	B	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.17

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0053-2.16	0.3233	126	0.2523	2178	X-RAY DIFFRACTION	90
2.16-2.3772	0.289	121	0.2156	2291	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3772-2.7208	0.2875	128	0.2254	2374	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7208-3.4263	0.2726	130	0.2019	2408	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4263-24.128	0.2159	126	0.1852	2518	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.354	-6.096	-2.3497	6.4524	1.7964	0.8251	-0.0654	-0.3126	0.2233	-0.0157	0.1909	-0.5962	-0.1055	0.0393	-0.1115	0.2046	0.0648	0.0198	0.2031	0.0169	0.2166	73.0898	17.0693	-18.0876
2	3.4968	-1.1529	-1.9688	0.1354	0.0007	5.763	0.2888	0.1371	0.2182	-0.2693	0.1822	-0.1179	-0.0664	-0.1753	-0.3154	0.2037	0.0228	-0.0332	0.2108	0.0304	0.1588	58.5407	30.4593	-12.429
3	2.7155	0.9087	-2.5716	6.5407	-2.3013	1.6236	-0.0474	0.5634	-0.1703	-0.4718	0.0149	-0.5584	0.1722	-0.3016	0.0089	0.0937	-0.0359	-0.0085	0.2155	-0.0717	0.1379	65.9593	29.6948	7.1129
4	-1.6721	1.1685	-0.2225	9.1875	1.5055	1.8936	0.247	-0.1114	-0.5625	0.6436	0.0331	-1.8998	0.1873	-0.002	-0.2016	0.1847	-0.0742	-0.1975	0.2427	0.0794	0.5998	79.7024	35.786	19.361
5	0.2154	-0.4872	0.1372	2.2349	1.6687	-0.2596	-0.0472	-0.0889	-0.0859	0.4922	-0.1685	0.6433	0.8799	-0.6841	0.2315	0.6513	-0.0295	0.1688	0.3533	0.07	0.3864	65.6246	14.8997	-13.655
6	3.7438	-0.7639	-1.4991	6.3143	-0.7121	1.0375	-0.254	0.367	0.1025	-1.2154	1.0101	0.0451	0.4157	-0.0923	-0.299	0.3438	-0.1671	-0.0163	0.3488	0.1394	0.3176	71.7764	13.8043	-12.2419
7	2.8556	-0.775	0.3955	2.1146	-0.1087	0.7681	0.0411	0.0847	-0.1773	0.2362	-0.0719	-0.4126	-0.1318	0.1325	0.0234	0.264	-0.1175	-0.0626	0.1564	0.0103	0.2309	73.9015	38.5085	17.3077
8	4.8095	4.8802	3.7443	4.2529	6.6228	9.0949	0.4336	-0.228	-0.3557	0.6089	0.0228	-0.0046	0.9625	-0.5385	-0.2013	0.2013	-0.0358	0.0339	0.1815	-0.003	0.2038	58.9949	24.9755	12.2978
9	0.7068	-0.2592	2.7474	8.8183	-5.6097	7.7086	-0.1892	-0.3087	0.3453	0.6145	-0.1763	-0.8189	-0.8132	-1.0277	0.3949	0.1003	0.0172	0.0155	0.2572	-0.0883	0.168	65.6921	25.7044	-7.4786
10	1.2738	-5.3232	-1.1135	5.8909	2.1555	1.8489	0.0664	-0.7115	1.3087	-0.342	0.3614	-2.9168	-0.2759	-0.1064	-0.5614	0.2256	0.0503	0.1761	0.1904	0.0629	0.7678	78.3148	19.7378	-20.318
11	1.6517	-0.8362	-1.2994	3.475	3.8302	8.0911	-1.444	0.0581	0.1074	0.0518	-0.7416	1.9341	-0.5689	-1.8137	1.5398	0.3813	0.0165	-0.1221	0.5284	-0.1161	0.6029	66.1915	40.5326	13.5943
12	3.5708	-8.356	0.1069	-5.457	3.7667	2.1639	-0.082	-0.031	1.2158	0.4502	1.3028	-0.0607	0.7487	0.2094	-0.7645	0.3146	-0.0298	-0.0343	0.4949	0.0563	0.315	73.4413	43.4176	12.1005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 39:46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 47:66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 67:88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 3:38
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 39:46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 47:66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 67:88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 101

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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