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- PDB-3epu: Crystal Structure of STM2138, a novel virulence chaperone in Salm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epu
タイトルCrystal Structure of STM2138, a novel virulence chaperone in Salmonella
要素STM2138 Virulence Chaperone
キーワードCHAPERONE / Virulence Chaperone / Salmonella / TypeIII Secretion System / STM2138 / SrcA (SsrB-regulated chaperone A)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #740 / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cytoplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, K. / Andres, S.N. / Hannemann, M. / Coombes, B. / Junop, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis and quantitative proteomic interactome of a novel virulence chaperone in Salmonella
著者: Cooper, C. / Zhang, K. / Andres, S.N. / Hannemann, M. / Junop, M.S. / Coombes, B.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月13日Group: Refinement description
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STM2138 Virulence Chaperone
B: STM2138 Virulence Chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8142
ポリマ－33,8142
非ポリマー00
水1,54986
1
A: STM2138 Virulence Chaperone
B: STM2138 Virulence Chaperone

A: STM2138 Virulence Chaperone
B: STM2138 Virulence Chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6284
ポリマ－67,6284
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.838, 46.832, 65.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 STM2138 Virulence Chaperone


分子量: 16906.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: STM2138 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZNP3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Bis-Tris propane, 200 mM MgCl2, 35% PEG 3350, 3.95 mM FOS-choline-9, 5% (v/v) Jeffamine M-600, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. all: 10664 / Num. obs: 10664 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 54.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1K3E

1k3e


解像度: 2.5→33.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.719 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FIRST 2 TLS GROUPS CORRESPONDS TO THE MAIN CHAIN ATOMS AND THE TLS-3,4 CORRESPONDS TO THE SIDE-CHAINS OF THE SAME RESIDUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25256 538 5 %RANDOM
Rwork0.21448 ---
obs0.21635 10170 99.91 %-
all-10170 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å20 Å21.66 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---4.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 0 86 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.962992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0735264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56724.917120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97215391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0491514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3231.51330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.11122149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0293882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4184.5843
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 45 -
Rwork0.27 736 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5006-0.22670.23180.3441-0.17490.18190.0423-0.08710.0674-0.0582-0.0872-0.01130.0119-0.01020.0449-0.0232-0.00260.01470.0018-0.018-0.051528.01431.86216.0852
20.9625-0.04860.16570.10030.01230.361-0.0124-0.0041-0.01160.01280.01240.0064-0.02-0.01150.00010.0079-0.00260.0167-0.01660.0038-0.026428.10531.683716.1051
30.27150.07050.16370.0846-0.0630.51930.0138-0.05120.02410.0289-0.07020.01320.05460.02330.0565-0.0561-0.01350.0132-0.01680.0019-0.02325.1271-4.27711.0072
40.2070.0580.06730.0653-0.05770.14120.013-0.040.00230.0352-0.0118-0.00080.0066-0.0337-0.0011-0.00150.01210.01460.0021-0.004-0.01595.0286-4.41611.0814
50.00520.0042-0.02830.0034-0.0230.1546-0.0724-0.0197-0.02520.03230.07840.04150.0184-0.0787-0.00610.0236-0.0074-0.00590.07530.02520.059714.5171-3.295312.788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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