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万見
- PDB-3epr: Crystal structure of putative HAD superfamily hydrolase from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epr
タイトルCrystal structure of putative HAD superfamily hydrolase from Streptococcus agalactiae.
要素Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
キーワードHYDROLASE / structural genomics / UNKNOWN FUNCTION / HAD superfamily hydrolase. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 1 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid sugar phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Tang, B.K. / Groshong, C. / Rodgers, L. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative HAD superfamily hydrolase from Streptococcus agalactiae.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Tang, B.K. / Groshong, C. / Rodgers, L. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2263
ポリマ－29,1111
非ポリマー1152
水5,080282
1
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子

A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子

A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子

A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90512
ポリマ－116,4444
非ポリマー4608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area39420 Å2
手法PISA
2
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子

A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4526
ポリマ－58,2222
非ポリマー2304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.367, 82.954, 99.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family


分子量: 29111.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
遺伝子: SAG0892 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8E044
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350, 0.2 M Ammonium Acetate, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.979
シンクロトロンNSLS X12C20.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年8月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2008年8月15日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID単色(M)・ラウエ(L)
1SADx-ray1
2SADx-ray1M
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 48500 / Num. obs: 48500 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 1.184 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 4530 / Rsym value: 0.553 / Χ2: 0.964 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXEモデル構築
SHELXD位相決定
精密化解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 1.282 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / SU Rfree: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2443 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.18 48286 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.96 Å2 / Biso mean: 21.473 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 7 282 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.982796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9395261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8525.45588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79215343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.638159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21451
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.51295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56522102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4283778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8014.5693
LS精密化 シェル解像度: 1.548→1.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 191 -
Rwork0.246 3069 -
all-3260 -
obs--88.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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