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- PDB-3eoh: Refined group II intron structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eoh
タイトルRefined group II intron structure
要素
  • 5'-R(*UP*UP*AP*UP*UP*A)-3'
  • Group IIC intron
キーワードRNA / Ribonucleic acid / Intron / Group II / exon
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.125 Å
データ登録者Toor, N. / Rajashankar, K. / Keating, K.S. / Pyle, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for exon recognition by a group II intron.
著者: Toor, N. / Rajashankar, K. / Keating, K.S. / Pyle, A.M.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group IIC intron
B: 5'-R(*UP*UP*AP*UP*UP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,59642
ポリマ－135,4902
非ポリマー1,10540
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area56810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.092, 94.969, 225.972
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 Group IIC intron


分子量: 133652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Oceanobacillus iheyensis sequence modified using PCR mutagenesis
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*AP*UP*UP*A)-3'


分子量: 1838.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Exon-like oligonucleotide
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.14 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 6% PEG 3350, 150 mM magnesium acetate, 350 mM KCL, 50 mM Na-HEPES pH 7.0, 0.5 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2magnesium acetate11
3KCL11
4Na-HEPES11
5spermine11
6PEG 33512
7magnesium acetate12
8KCL12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.125→43.705 Å / Num. obs: 34739

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.125→43.705 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1644 4.97 %
Rwork0.2081 --
obs0.2095 33095 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.378 Å2 / ksol: 0.233 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.125→43.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8248 40 13 8301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39714402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.4175327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.125-3.21680.28881130.23462174X-RAY DIFFRACTION80
3.2168-3.32060.25441300.21992502X-RAY DIFFRACTION92
3.3206-3.43930.22941260.20642520X-RAY DIFFRACTION93
3.4393-3.57690.23781420.20492591X-RAY DIFFRACTION96
3.5769-3.73960.22771370.1922636X-RAY DIFFRACTION97
3.7396-3.93670.21541370.18882643X-RAY DIFFRACTION97
3.9367-4.18310.21211380.19172644X-RAY DIFFRACTION97
4.1831-4.50580.23311390.19542688X-RAY DIFFRACTION97
4.5058-4.95870.2251440.19262728X-RAY DIFFRACTION99
4.9587-5.67490.22671450.18452746X-RAY DIFFRACTION99
5.6749-7.14470.22141450.19562778X-RAY DIFFRACTION99
7.1447-43.70920.25171480.24172801X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.0081 Å / Origin y: 85.9752 Å / Origin z: 364.6508 Å
111213212223313233
T0.4711 Å20.0299 Å2-0.0566 Å2-0.4869 Å2-0.0728 Å2--0.4547 Å2
L0.3644 °2-0.2099 °20.407 °2-0.5744 °2-0.4438 °2--0.6881 °2
S-0.1122 Å °-0.1137 Å °0.0825 Å °0.225 Å °0.085 Å °-0.1722 Å °-0.1804 Å °-0.0242 Å °0.0236 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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