PDB-3eo3: Crystal structure of the N-acetylmannosamine kinase domain of hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eo3

タイトル

Crystal structure of the N-acetylmannosamine kinase domain of human GNE protein

要素

Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

キーワード

Isomerase / Transferase / non-protein kinase / sialic acid biosynthesis / Structural genomics consortium / SGC / Allosteric enzyme / ATP-binding / Disease mutation / Kinase / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective GNE causes sialuria, NK and IBM2 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylmannosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W.M. / Hong, B. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the N-acetylmannosamine kinase domain of GNE.
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Mackenzie, F. / Park, H.W.

履歴

登録	2008年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eo3.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eo3.ent.gz	123.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x0h-1 4k2r-d 4ais-2 2xm2-1 4ais-1 2xm1-1 3wag-d 2chn-2 5fky-1 2cho-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.946, 127.946, 127.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1- UNX

詳細

ACCORDING TO THE AUTHORS THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase / UDP-GlcNAc-2-epimerase/ManAc kinase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / Uridine diphosphate-N- ...UDP-GlcNAc-2-epimerase/ManAc kinase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / Uridine diphosphate-N-acetylglucosamine-2-epimerase / UDP-GlcNAc-2-epimerase / N-acetylmannosamine kinase / ManAc kinase 分子量: 35684.938 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 406-722 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNE, GLCNE / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9Y223, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing), N-acylmannosamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.81	56.2
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	5.6	15% PEG-4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 1:100 (w/w) chymotrypsin and 0.005M ADP., pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6	14.55% PEG-4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 1:100 (w/w) chymotrypsin and 0.005M ADP., pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.97926
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97921

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年11月29日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年4月10日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.97921	1

反射

解像度: 2.84→30 Å / Num. obs: 29072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.88 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.84-2.94	10.5	0.978	2860	1.607	1,2	100
2.94-3.06	11.1	0.674	2879	1.641	1,2	100
3.06-3.2	11.3	0.473	2851	1.597	1,2	100
3.2-3.37	11.3	0.299	2883	1.566	1,2	100
3.37-3.58	11.3	0.189	2874	1.703	1,2	100
3.58-3.85	11.3	0.12	2903	1.773	1,2	100
3.85-4.24	11.2	0.084	2888	1.943	1,2	100
4.24-4.85	11.1	0.067	2925	2.423	1,2	100
4.85-6.1	11.1	0.057	2947	2.261	1,2	100
6.1-30	10.6	0.031	3062	2.258	1,2	100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.3 / 反射: 22643

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.952	0.672	0.029	0.719
2	Se	60	0.827	0.521	0.088	0.647
3	Se	60	0.113	0.77	0.082	0.637
4	Se	60	0.114	0.57	0.071	0.642
5	Se	60	0.01	0.451	0.173	0.574
6	Se	60	0.244	0.911	0.038	0.794
7	Se	55.768	0.994	0.033	0.084	0.463
8	Se	60	0.889	0.101	0.081	0.554
9	Se	60	0.257	0.051	0.056	0.657
10	Se	60	0.579	0.221	0.03	0.564
11	Se	60	0.675	0.411	0.053	0.454
12	Se	60	0.137	0.387	0.037	0.432

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.38-20	0.42	1636
6.16-9.38	0.48	2525
4.89-6.16	0.44	3137
4.18-4.89	0.38	3546
3.7-4.18	0.29	3895
3.36-3.7	0.19	3741
3.1-3.36	0.11	3149
2.89-3.1	0.06	1014

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.11	位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.84→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.237 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 35.648 / SU ML: 0.294 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.707 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY. DUE TO TLS REFINEMENT, ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1071	3.726 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.207	28742	99.653 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.804 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.212 Å²	0.106 Å²	0 Å²
2-	-	0.212 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.317 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.84→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5885	0	7	0	5892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	5966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.131	1.969	8134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3.002	8818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.387	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.173	25.674	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.927	15	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.853	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.818	2	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.452	3	6596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.942	2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.559	3	1538

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.84-2.913		0	0.382	2092	2117	98.819
2.913-2.992		0	0.32	2003	2022	99.06
2.992-3.078	0.367	188	0.288	1766	1964	99.491
3.078-3.172		0	0.268	1924	1937	99.329
3.172-3.274	0.298	157	0.257	1726	1888	99.735
3.274-3.388		0	0.253	1782	1792	99.442
3.388-3.514	0.286	151	0.226	1597	1752	99.772
3.514-3.656		0	0.208	1698	1703	99.706
3.656-3.815	0.253	136	0.2	1470	1610	99.752
3.815-3.998		0	0.186	1554	1558	99.743
3.998-4.211	0.205	114	0.173	1357	1471	100
4.211-4.461	0.185	84	0.173	1325	1409	100
4.461-4.761		0	0.149	1346	1346	100
4.761-5.132	0.176	65	0.175	1165	1230	100
5.132-5.605	0.329	51	0.204	1105	1156	100
5.605-6.24	0.419	15	0.232	1038	1053	100
6.24-7.153	0.233	19	0.21	917	936	100
7.153-8.639	0.214	47	0.159	765	812	100
8.639-11.741	0.159	25	0.147	627	652	100
11.741-30	0.357	19	0.226	414	434	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7445	-0.0278	0.7807	2.7963	-0.346	2.4719	0.0485	0.092	0.0346	-0.1254	0.18	-0.1983	-0.2503	0.2301	-0.2284	0.2515	-0.0429	-0.0497	0.2969	-0.2053	0.2075	102.092	7.435	-2.383
2	3.8178	-0.7789	-0.2397	2.0257	0.3703	3.4528	-0.0299	-0.1224	0.8366	-0.2246	0.0952	0.0488	-0.7154	-0.3678	-0.0652	0.4288	0.105	0.1278	0.3313	0.0123	0.4174	80.399	19.512	-45.193
3	4.7278	0.1427	0.5829	3.0907	0.1705	1.9993	0.0787	-0.6591	0.6332	0.63	-0.0109	-0.1423	-0.2953	0.0647	-0.0677	0.2768	-0.0338	0.0186	0.3229	-0.0625	0.1979	52.182	7.858	-5.519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	406 - 717
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	406 - 717
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	406 - 717

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万見 (Yorodumi)