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- PDB-3eo1: Structure of the Fab Fragment of GC-1008 in Complex with Transfor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eo1
タイトルStructure of the Fab Fragment of GC-1008 in Complex with Transforming Growth Factor-Beta 3
要素
  • GC-1008 Fab Heavy Chain
  • GC-1008 Fab Light Chain
  • Transforming growth factor beta-3
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / Antibody-cytokine complex / Growth factor / FAB fragment / Cardiomyopathy / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Mitogen / Polymorphism / Secreted / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / positive regulation of tight junction disassembly / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding ...uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / positive regulation of tight junction disassembly / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / mammary gland development / cell-cell junction organization / transforming growth factor beta binding / IgG immunoglobulin complex / digestive tract development / face morphogenesis / odontogenesis / positive regulation of filopodium assembly / immunoglobulin receptor binding / Molecules associated with elastic fibres / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / lung alveolus development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / inner ear development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of cell division / FCGR activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ECM proteoglycans / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / antigen binding / positive regulation of stress fiber assembly / T-tubule / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / Regulation of Complement cascade / cytokine activity / female pregnancy / positive regulation of protein secretion / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / response to estrogen / antibacterial humoral response / Platelet degranulation / regulation of cell population proliferation / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / negative regulation of neuron apoptotic process / adaptive immune response / in utero embryonic development / response to hypoxia / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / : / Ribbon / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Transforming growth factor beta-3 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gruetter, C. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A cytokine-neutralizing antibody as a structural mimetic of 2 receptor interactions
著者: Wilkinson, T. / Turner, R. / Podichetty, S. / Finch, D. / McCourt, M. / Loning, S. / Jermutus, L.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GC-1008 Fab Light Chain
B: GC-1008 Fab Heavy Chain
C: Transforming growth factor beta-3
D: GC-1008 Fab Light Chain
E: GC-1008 Fab Heavy Chain
F: Transforming growth factor beta-3
G: GC-1008 Fab Light Chain
H: GC-1008 Fab Heavy Chain
I: Transforming growth factor beta-3
J: GC-1008 Fab Light Chain
K: GC-1008 Fab Heavy Chain
L: Transforming growth factor beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,99712
ポリマ－239,99712
非ポリマー00
水00
1
A: GC-1008 Fab Light Chain
B: GC-1008 Fab Heavy Chain
C: Transforming growth factor beta-3
D: GC-1008 Fab Light Chain
E: GC-1008 Fab Heavy Chain
F: Transforming growth factor beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9986
ポリマ－119,9986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-105.9 kcal/mol
Surface area48790 Å2
手法PISA
2
G: GC-1008 Fab Light Chain
H: GC-1008 Fab Heavy Chain
I: Transforming growth factor beta-3
J: GC-1008 Fab Light Chain
K: GC-1008 Fab Heavy Chain
L: Transforming growth factor beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9986
ポリマ－119,9986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area48790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.040, 149.130, 149.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体
GC-1008 Fab Light Chain


分子量: 23425.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0
#2: 抗体
GC-1008 Fab Heavy Chain


分子量: 23838.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0 / 参照: UniProt: P01861*PLUS
#3: タンパク質
Transforming growth factor beta-3 / TGF-beta-3


分子量: 12734.504 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 301-412, receptor binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10600
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN (ANTIBODY) DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 23% tert.-butanol, 0.1M sodium citrate, 0.2M phenoxyacetic acid, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.070645 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月24日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.070645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. obs: 60296 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 10322 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EO0, 1TGJ

3eo0

1tgj


解像度: 3.1→35 Å / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 724 RANDOM
Rwork0.255 --
obs0.255 60296 -
all-61154 -
原子変位パラメータBiso mean: 80.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16556 0 0 0 16556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.413
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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