PDB-3emk: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from bruc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3emk

タイトル

2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis

要素

GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BRUCELLA / MELITENSIS / GLUCOSE / RIBITOL / DEHYDROGENASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2008年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3emk.cif.gz	178.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3emk.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3emk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3emk_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3emk_full_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示
XML形式データ	3emk_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	3emk_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i08-1 3op4-1 3rsh-1 1dfg-1 3oig-1 6d9y-1 6le3-d 6ci9-4 1vl8-2 6ci9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00010.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE

B: GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE

C: GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE

D: GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.489, 147.939, 63.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE 分子量: 26074.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: BMEI1477 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YFP3, UniProt: Q2YMG6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

分子量: 26074.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: BMEI1477 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YFP3, UniProt: Q2YMG6*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.15M DL MALIC ACID, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日 / 詳細: MULTI-LAYER OPTICS MIRRORS

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31770 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8.978

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2.5-2.59	2.8	0.571	95.8
2.59-2.69	3	0.483	96.6
2.69-2.82	3.4	0.456	95.5
2.82-2.96	3.5	0.343	95.2
2.96-3.15	3.5	0.265	93.9
3.15-3.39	3.4	0.165	93.1
3.39-3.73	3.4	0.115	92.5
3.73-4.27	3.4	0.091	92.5
4.27-5.38	3.5	0.073	96
5.38-50	4.3	0.064	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.18 Å
Translation	2.5 Å	44.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.04 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.114 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2678	1598	5 %	RANDOM
R_work	0.20063	-	-	-
obs	0.20407	30103	94.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7008	0	0	130	7138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.962	9545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.309	5	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.368	24.089	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.662	15	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.238	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.6	1.5	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.053	2	7363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.584	3	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.613	4.5	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	113	-
R_work	0.28	2208	-
obs	-	-	94.93 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)