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- PDB-3emk: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from bruc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3emk | ||||||
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Title | 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis | ||||||
![]() | GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BRUCELLA / MELITENSIS / GLUCOSE / RIBITOL / DEHYDROGENASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID | ||||||
Function / homology | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 143.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26074.951 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 20% PEG 3350, 0.15M DL MALIC ACID, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2008 / Details: MULTI-LAYER OPTICS MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 31770 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8.978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.237 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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