PDB-3elz: Crystal structure of Zebrafish Ileal Bile Acid-Bindin Protein com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3elz

タイトル

Crystal structure of Zebrafish Ileal Bile Acid-Bindin Protein complexed with cholic acid (crystal form A).

要素

ileal Bile Acid-Binding Protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Ileal bile acid-binding protein / zebrafish (Danio rerio) / cholic acid / Lipid-binding / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / bile acid binding / fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The X-Ray structure of zebrafish (Danio rerio) ileal bile acid-binding protein reveals the presence of binding sites on the surface of the protein molecule.
著者: Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L.

履歴

登録	2008年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3elz.cif.gz	98.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3elz.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3elz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3elz_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3elz_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	3elz_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	3elz_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3elxSC 3em0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xrn-d 5e89-d 6rzf-d 6i76-d 2flj-d 6qlp-d 6rzg-d 4r9c-d 5hz9-7 5hz9-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ileal Bile Acid-Binding Protein

B: ileal Bile Acid-Binding Protein

C: ileal Bile Acid-Binding Protein

ヘテロ分子

50.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ileal Bile Acid-Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ileal Bile Acid-Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ileal Bile Acid-Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.195, 80.290, 39.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological assembly is the protein monomer.

#1: タンパク質	ileal Bile Acid-Binding Protein / Fatty acid binding protein 6 / ileal (Gastrotropin) 分子量: 15191.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: fabp6, zgc:92421 / プラスミド: pQE50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q6IMW5
#2: 化合物	ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸分子量: 408.571 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M tri-sodium citrate dihydrate., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月22日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si 311 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 22845 / Num. obs: 22845 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2885 / R_sym value: 0.347 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ELX

3elx

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.666 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26426	1164	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22181	-	-	-
all	0.22404	22837	-	-
obs	0.22404	21673	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3090	0	377	70	3537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	2.056	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.706	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.894	25.692	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.147	15	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.47	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.357	1.5	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.65	2	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.921	3	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.366	4.5	1723

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	67	-
R_work	0.27	1316	-
obs	-	1383	80.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3157	-0.1129	0.8291	1.5024	0.5415	4.4344	-0.0587	-0.2165	0.0386	-0.0447	0.0123	0.2196	-0.005	-0.3422	0.0464	-0.2393	-0.0369	-0.0628	-0.1429	0.0573	-0.1301	-9.5032	3.3294	-10.1132
2	4.22	0.3534	-0.889	3.0373	-0.1825	3.949	-0.0315	0.2007	-0.2322	-0.1196	-0.1113	0.027	0.275	-0.2483	0.1428	-0.1229	-0.0657	-0.0255	-0.1742	-0.0496	-0.1504	-40.8975	-4.7257	-22.8807
3	2.5929	-0.85	-0.7417	6.1857	1.6637	7.3374	0.3775	0.0429	0.3257	-0.1275	-0.1221	0.1173	-1.0153	-0.7871	-0.2554	0.1355	0.1002	0.1745	-0.0921	0.0066	0.0089	-51.7069	14.5194	-6.485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	150
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	151
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	152
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	153
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	150
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	151
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	152
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	153
12	X-RAY DIFFRACTION	2	B	200
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	150
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	151
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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