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- PDB-3elx: Crystal structure of apo Zebrafish Ileal Bile Acid-Binding Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3elx
タイトルCrystal structure of apo Zebrafish Ileal Bile Acid-Binding Protein
要素Ileal bile acid-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ileal bile acid-bindign protein / zebrafish (ゼブラフィッシュ) / cholic acid (コール酸) / Lipid-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / bile acid binding / fatty acid transport / fatty acid binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The X-Ray structure of zebrafish (Danio rerio) ileal bile acid-binding protein reveals the presence of binding sites on the surface of the protein molecule.
著者: Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2008年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ileal bile acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2532
ポリマ－15,1911
非ポリマー621
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.422, 54.422, 82.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological unit is the monomer.

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要素

#1: タンパク質 Ileal bile acid-binding protein / Fatty acid binding protein 6 / ileal (Gastrotropin)


分子量: 15191.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: fabp6, zgc:92421 / プラスミド: pQE50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q6IMW5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium HEPES, 1.4 M tri-sodium citrate dihydrate, 1% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 311 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41 Å / Num. all: 18986 / Num. obs: 18986 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 2731 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QO4

2qo4


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.193 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 977 5.1 %RANDOM
Rwork0.20246 ---
all0.20433 18978 --
obs0.20433 18001 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 0 4 133 1167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1551.9531416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3815133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.1425.81443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94115189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.374152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8551.5674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27421062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0883428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2534.5354
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 69 -
Rwork0.217 1292 -
obs-1361 99.93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.3197 Å / Origin y: -15.2298 Å / Origin z: -8.6085 Å
111213212223313233
T-0.0514 Å20.0039 Å2-0.0041 Å2--0.0118 Å20.0125 Å2---0.0174 Å2
L0.0283 °20.142 °2-0.1162 °2-0.751 °2-0.3247 °2--2.1876 °2
S-0.0436 Å °-0.0091 Å °-0.0177 Å °0.0258 Å °0.0156 Å °-0.0517 Å °-0.0922 Å °0.0686 Å °0.0279 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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