PDB-3elv: Crystal Structure of Full-Length Yeast Pml1p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3elv

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Yeast Pml1p

要素

Pre-mRNA leakage protein 1

キーワード

SPLICING / Intrinsically unstructured domain / forkhead-associated domain (FHA) domain / pre-mRNA retention and splicing / protein phosphorylation / RES complex / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of RNA location / RES complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Trowitzsch, S. / Weber, G. / L hrmann, R. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the Pml1p subunit of the yeast precursor mRNA retention and splicing complex.
著者: Trowitzsch, S. / Weber, G. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2008年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3elv.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3elv.ent.gz	54.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3elv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3elsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dn2-4 2eve-d 4jnb-d 7jjc-4 2jkd-2 4c6a-d 7jjc-2 1ixl-d 2kva-d 1o7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pre-mRNA leakage protein 1

B: Pre-mRNA leakage protein 1

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre-mRNA leakage protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pre-mRNA leakage protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.891, 86.891, 96.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-216- HOH

#1: タンパク質	Pre-mRNA leakage protein 1 分子量: 23742.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PML1, YLR016C, L1591 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q07930
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, 200 mM Li2SO4, 21-24 % PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9802 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40.7 Å / Num. all: 16912 / Num. obs: 16896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 71.7 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2473 / R_sym value: 0.81 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 18.375 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.331 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26592	852	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21798	-	-	-
all	0.22027	16064	-	-
obs	0.22027	16010	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	-0.84 Å²	0 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.51 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	15	60	2401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.98	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.186	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.161	24.32	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.268	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.873	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.14	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.923	2	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.039	3	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.697	4.5	900

LS精密化シェル

解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	73	-
R_work	0.313	1102	-
obs	-	1102	96.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0957	0.596	-1.1852	4.3051	-0.3826	3.1962	-0.3637	-0.1651	0.1147	0.0405	-0.0489	0.2254	-0.2384	-0.4567	0.4126	-0.1865	0.1647	-0.1436	-0.3159	-0.1675	-0.1565	22.595	11.675	23.156
2	3.8997	-0.1862	-0.922	4.5219	1.0024	3.4835	-0.3767	0.4351	-0.1028	-0.2553	0.0705	-0.2534	0.0656	-0.014	0.3062	-0.2186	-0.1488	0.0824	-0.3193	0.0726	-0.2047	47.003	0.571	-0.901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	122 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	51 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	122 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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