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万見
- PDB-3eik: double stranded DNA binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eik
タイトルdouble stranded DNA binding protein
要素TATA-box-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / TATA box binding protein / DNA-binding / Initiation factor / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cui, S. / Wollmann, P. / Moldt, M. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: structural studies of ecTBP
著者: Cui, S. / Wollmann, P. / Moldt, M. / Hopfner, K.-P.
履歴
登録2008年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-box-binding protein
B: TATA-box-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3778
ポリマ－49,0052
非ポリマー3726
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint4.7 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.400, 104.400, 129.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 TATA-box-binding protein


分子量: 24502.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8ST28
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES,2M NaCl,4% Acetone, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 41388 / Num. obs: 37329 / % possible obs: 90.19 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.03 % / Biso Wilson estimate: 25.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.99 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Num. unique all: 5640 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
remdaq.pilatusデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YTB

1ytb


解像度: 1.9→26.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.851 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1950 5.01 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 36954 94.04 %-
all-38913 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.278 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.87 Å2 / Biso mean: 30.794 Å2 / Biso min: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.204 Å20 Å2-0 Å2
2--0.204 Å2-0 Å2
3----0.407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 0 24 148 3080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072990
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0411124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9460.2841280.1882628275693
1.946-1.9990.2791430.1672697284097
1.999-2.0580.2221520.1512703285596
2.058-2.1240.2611430.1542652279594
2.124-2.20.2691250.162636276195
2.2-2.2880.2611730.1632685285896
2.288-2.3920.2711370.1692709284696
2.392-2.5180.2621470.1742630277795
2.518-2.6760.2541530.1732603275693
2.676-2.8820.2361380.1822661279995
2.882-3.1710.2481380.1882640277893
3.171-3.6290.2061230.1752583270692
3.629-4.5690.1921290.1542599272892
4.569-26.1030.1811210.1632537265890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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