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万見
- PDB-3ehs: Crystal structure of the extracellular domain of human corticotro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehs
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human corticotropin releasing factor receptor type 1 (CRFR1)
要素fusion protein of CRFR1 extracellular domain and MBP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein-coupled receptor / corticotropin releasing factor / SCR fold / MBP fusion / extracellular domain / Sugar transport / Transport / Cell membrane / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transducer / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


: / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol ...: / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol / fear response / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / exploration behavior / adrenal gland development / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / activation of adenylate cyclase activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / outer membrane-bounded periplasmic space / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / cell surface receptor signaling pathway / endosome / neuron projection / immune response / DNA damage response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Corticotropin-releasing factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Pioszak, A.A. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Molecular Recognition of Corticotropin-releasing Factor by Its G-protein-coupled Receptor CRFR1.
著者: Pioszak, A.A. / Parker, N.R. / Suino-Powell, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2008年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein of CRFR1 extracellular domain and MBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8892
ポリマ－52,5471
非ポリマー3421
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.018, 112.018, 145.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-132-

HOH

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要素

#1: タンパク質 fusion protein of CRFR1 extracellular domain and MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / CRF-R / CRF1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R 1


分子量: 52547.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P34998
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.7
詳細: NaCl, sucrose, sodium acetate, pH 4.7, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 24253 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 33.26
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / % possible all: 90.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3C4M

3c4m


解像度: 2.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 23.417 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1238 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 22955 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.97 Å2 / Biso mean: 93.281 Å2 / Biso min: 64.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3539 0 23 6 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9644966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.08825.671164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.63615593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3921510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.461.52329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7823641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17131529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8344.51325
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.828 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 76 -
Rwork0.312 1457 -
all-1533 -
obs--86.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14-1.4976-1.66016.94232.78967.28340.21810.2472-0.04230.0298-0.3581.1173-0.0476-0.58880.1399-0.25750.020.0031-0.394-0.1928-0.082418.62360.931415.7966
27.7666-0.7552-3.32957.8821-2.08277.1507-0.2447-0.4019-0.43720.3430.3095-0.22360.1470.3746-0.0648-0.44440.06820.0805-0.3790.0065-0.388443.540930.66580.6971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-348 - 23
2X-RAY DIFFRACTION1A126
3X-RAY DIFFRACTION2A24 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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