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万見
- PDB-1r8j: Crystal Structure of Circadian Clock Protein KaiA from Synechococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r8j
タイトルCrystal Structure of Circadian Clock Protein KaiA from Synechococcus elongatus
要素KaiA
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / KaiA
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of redox state / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily ...KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / combination of SAD phasing, real space molecular replacement, ARP/wARP phase improvement, and non-crystallographic symmetry averaging / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ye, S. / Vakonakis, I. / Sacchettini, J.C. / LiWang, A.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of circadian clock protein KaiA from Synechococcus elongatus
著者: Ye, S. / Vakonakis, I. / Ioerger, T.R. / LiWang, A.C. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2003年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KaiA
B: KaiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2712
ポリマ－66,2712
非ポリマー00
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.111, 125.818, 56.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 KaiA


分子量: 33135.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
生物種: Synechococcus elongatus / 株: Pcc 7942 / 遺伝子: KaiA / プラスミド: pET32a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79PF6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate, PEG 8000, Glycerol, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38494 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 54.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: combination of SAD phasing, real space molecular replacement, ARP/wARP phase improvement, and non-crystallographic symmetry averaging
開始モデル: PDB ENTRY 1M2E

1m2e


解像度: 2.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 4.615 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27144 1905 5 %RANDOM
Rwork0.21012 ---
obs0.21306 36552 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å21.54 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4331 0 0 246 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9615967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3895530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7561.52682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43624333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74531726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9284.51634
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.078 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 101
Rwork0.255 2393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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