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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ehm | ||||||
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タイトル | Structure of BT1043 | ||||||
要素 | SusD homolog | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / SusD homolog / glycan binding / mucin O-glycan binding / tetratrico-peptide repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SusD-like, tetratrico peptide repeats domain / SusD-like / Susd and RagB outer membrane lipoprotein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Koropatkin, N.M. / Smith, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Structure of a SusD homologue, BT1043, involved in mucin O-glycan utilization in a prominent human gut symbiont. 著者: Koropatkin, N. / Martens, E.C. / Gordon, J.I. / Smith, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ehm.cif.gz | 218.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ehm.ent.gz | 181.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ehm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ehm_validation.pdf.gz | 444.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ehm_full_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ehm_validation.xml.gz | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ehm_validation.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60025.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-546 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1043 / プラスミド: pET-28rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A8X4 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 9 詳細: 6-7% polyethylene glycol 6000, 50 mM NaCl, 50mM 2-(cyclohexylamino)-ethanesulfonic acid (CHES), pH 9.0, batch/microseeding, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934, 0.97951, 0.97167 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 78668 / Num. obs: 78668 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 32.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Rsym value: 0.139 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 32.387 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 41.83 Å2 / Biso mean: 19.417 Å2 / Biso min: 5.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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