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- PDB-3efm: Structure of the alcaligin outer membrane recepteur FauA from Bor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efm
タイトルStructure of the alcaligin outer membrane recepteur FauA from Bordetella pertussis
要素Ferric alcaligin siderophore receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane receptor / Membrane transporter / Siderophore / Membrane / Receptor / TonB box
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily ...TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferric alcaligin siderophore receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Brillet, K. / Lauber, E. / Reimmann, C. / Armstrong, S.K. / Cobessi, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Use of an in-house approach to study the three-dimensional structures of various outer membrane proteins: structure of the alcaligin outer membrane transporter FauA from Bordetella pertussis
著者: Brillet, K. / Meksem, A. / Lauber, E. / Reimmann, C. / Cobessi, D.
履歴
登録2008年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric alcaligin siderophore receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8703
ポリマ－78,6781
非ポリマー1922
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.893, 188.847, 62.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ferric alcaligin siderophore receptor / FauA


分子量: 78677.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-734 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: fauA, BP2463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X6A5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.75% C8E4, 0.1M HEPES, pH7.5, 0.3-0.5M NH4SO4, 13-17% MPD, protein concentration 10mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9789 Å
検出器検出器: FLAT PANEL / 日付: 2008年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→29.42 Å / Num. obs: 42320 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.066
反射 シェル解像度: 2.33→2.4 Å / Rsym value: 0.724 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O5P

2o5p


解像度: 2.33→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.176 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25843 2141 5.1 %RANDOM
Rwork0.21892 ---
obs0.22091 40176 100 %-
all-40176 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---2.96 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 10 136 4530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9336095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2535565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77623.333213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05415669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg181536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.911.52912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53924509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24931813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4984.51586
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 144 -
Rwork0.269 2897 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4525-0.37110.21983.68080.17181.84030.0285-0.0053-0.14570.0349-0.00180.21650.1147-0.2038-0.0267-0.0609-0.0243-0.0066-0.0546-0.0177-0.067932.642727.60821.0831
20.54080.14040.21291.23930.06141.00450.0131-0.0466-0.01670.0411-0.04420.13860.0282-0.16780.031-0.1187-0.02610.0173-0.065-0.0041-0.087330.33429.2175-0.8267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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