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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ef4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of native pseudoazurin from Hyphomicrobium denitrificans | ||||||
![]() | Blue copper protein | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / copper / electron transfer / blue copper protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hira, D. / Nojiri, M. / Suzuki, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic resolution structure of pseudoazurin from the methylotrophic denitrifying bacterium Hyphomicrobium denitrificans: structural insights into its spectroscopic properties 著者: Hira, D. / Nojiri, M. / Suzuki, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1adwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13590.666 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A7VL37 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 3.2M Ammonium Phosphate, 0.05M Potassium Phosphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: double Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.18→49.2 Å / Num. all: 132934 / Num. obs: 132934 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 43.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 85.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1adw 解像度: 1.18→44.95 Å / Num. parameters: 32026 / Num. restraintsaints: 45026 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Num. disordered residues: 30 / Occupancy sum hydrogen: 2724 / Occupancy sum non hydrogen: 3402 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→44.95 Å
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拘束条件 |
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