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- PDB-3ef1: The Structure of Fcp1, an essential RNA polymerase II CTD phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ef1
タイトルThe Structure of Fcp1, an essential RNA polymerase II CTD phosphatase
要素RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
キーワードHYDROLASE / phosphatase / CTD / FCPH / BRCT / BeF3 / acylphosphate analog / Cobalt / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nucleus / Protein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / signaling / protein-serine/threonine phosphatase / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / twin BRCT domain / BRCT domain / S15/NS1, RNA-binding ...FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / twin BRCT domain / BRCT domain / S15/NS1, RNA-binding / HAD superfamily/HAD-like / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ghosh, A. / Lima, C.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: The structure of Fcp1, an essential RNA polymerase II CTD phosphatase.
著者: Ghosh, A. / Shuman, S. / Lima, C.D.
履歴
登録2008年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3842
ポリマ－50,3601
非ポリマー241
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.663, 88.442, 113.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase / CTD phosphatase fcp1


分子量: 50359.805 Da / 分子数: 1
断片: FCP1 homology domain, Catalytically active fragment, UNP residues 140-580
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: leaves behind N-terminal S
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: fcp1, SPAC19B12.05c / プラスミド: pET28b-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus
参照: UniProt: Q9P376, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Fcp1-BeF3-Mg was obtained by incubating 200 M Fcp1(140-580) with 225 M CTD peptide (SPSYSPTSPS), 300 M BeCl2, 5 mM NaF and 5 mM MgCl2 on ice for 1 h then crystallized by sitting drop vapor ...詳細: Fcp1-BeF3-Mg was obtained by incubating 200 M Fcp1(140-580) with 225 M CTD peptide (SPSYSPTSPS), 300 M BeCl2, 5 mM NaF and 5 mM MgCl2 on ice for 1 h then crystallized by sitting drop vapor diffusion against 22% PEG-4000, 100 mM Na-citrate (pH 5.6), 100 mM ammonium acetate, 5% hexane 1,6-diol, 5% aminocaproic acid, 5% propane-1,3-diol, 5 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 29320 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 19.043
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2784 / Χ2: 0.318 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.855 / Data cutoff high absF: 1787288 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1450 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all-30043 --
obs-28751 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.108 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 117.42 Å2 / Biso mean: 50.293 Å2 / Biso min: 23.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.06 Å20 Å20 Å2
2---6.17 Å20 Å2
3---2.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 1 163 3143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 236 5.3 %
Rwork0.292 4207 -
all-4443 -
obs--90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-bfd-agni.paramprotein-bfd-agni.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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