PDB-3ee1: Novel fold of VirA, a type III secretion system effector protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ee1

タイトル

Novel fold of VirA, a type III secretion system effector protein from Shigella flexneri

要素

Effector protein virA

キーワード

HYDROLASE / beta barrels / six-stranded beta barrel / Protease / Secreted / Thiol protease / Virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Davis, J.S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Novel fold of VirA, a type III secretion system effector protein from Shigella flexneri
著者: Davis, J. / Wang, J. / Tropea, J.E. / Zhang, D. / Dauter, Z. / Waugh, D.S. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2008年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ee1.cif.gz	280.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ee1.ent.gz	231 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ee1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ee1_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ee1_full_validation.pdf.gz	485.2 KB	表示
XML形式データ	3ee1_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	3ee1_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3ee1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3ee1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mad-3 3eb8-1 6n0t-d 5mad-4 6ba5-3 1p8x-1 2fh3-2 4i1c-d 4bmo-d 1uw4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Effector protein virA

B: Effector protein virA

89.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Effector protein virA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Effector protein virA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.252, 170.910, 46.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 1:13 or resseq 58:310 or resseq 315:328 or resseq 339:399
2	1	chain B and (resseq 1:13 or resseq 58:310 or resseq 315:328 or resseq 339:399

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	1 - 13	1 - 13
1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	58 - 310	58 - 310
1	3	ASN	ASN	PRO	PRO	A	A	315 - 328	315 - 328
1	4	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	339 - 399	339 - 399
2	1	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	1 - 13	1 - 13
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	58 - 310	58 - 310
2	3	ASN	ASN	PRO	PRO	B	B	315 - 328	315 - 328
2	4	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	339 - 399	339 - 399

#1: タンパク質	Effector protein virA / Cysteine protease-like virA 分子量: 44866.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: virA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7BU69, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Effector protein virA / Cysteine protease-like virA

分子量: 44866.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: virA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7BU69, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.46 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→30 Å / Num. obs: 21471 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.082

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	6	0.421	1	80.5
3.11-3.23	6.5	0.341	1	89.7
3.23-3.38	6.7	0.259	1	97.7
3.38-3.56	7.2	0.187	1	99.6
3.56-3.78	7.4	0.137	1	100
3.78-4.07	7.5	0.107	1	100
4.07-4.48	7.4	0.079	1	100
4.48-5.12	7.4	0.071	1	100
5.12-6.44	7.4	0.077	1	100
6.44-30	7.3	0.06	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

解像度: 3.01→28.631 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.57 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1096	5.11 %
R_work	0.2136	-	-
obs	0.2157	21459	96.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 94.308 Å² / k_sol: 0.308 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	-0.35 Å²
2-	-	-1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→28.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5244	0	0	0	5244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.529	7266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.586	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	946

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2622	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2622	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.01-3.1465	0.3236	114	0.3088	2069	X-RAY DIFFRACTION	78
3.1465-3.3122	0.3727	128	0.2931	2454	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3122-3.5194	0.3011	140	0.2625	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5194-3.7905	0.2796	149	0.2247	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7905-4.1709	0.2614	151	0.2128	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1709-4.7721	0.2328	151	0.1768	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7721-6.0032	0.2142	134	0.1902	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0032-28.6322	0.2263	129	0.1919	2689	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2314	-0.8324	2.5795	0.9631	1.3942	0.9418	0.1648	-0.5617	0.2266	0.2968	-0.0536	0.1473	-0.251	0.1417	-0.0597	0.5804	-0.0964	0.0893	1.0225	0.033	0.4878	53.452	88.0378	29.5045
2	1.9417	-0.1813	0.9443	3.8792	-0.6151	0.3791	0.0846	-0.013	-0.1637	-0.2162	0.1055	0.6261	-0.0741	0.0523	-0.1485	0.6106	0.0017	-0.0604	0.5578	-0.0155	0.6096	29.8027	83.5841	21.3371
3	8.6681	-4.7816	3.5654	5.3916	1.6974	-2.3233	-1.6139	-3.6174	1.2127	2.145	1.3579	-0.8236	0.6024	-1.7984	-0.1856	0.8006	0.2742	0.0426	1.7415	-0.0463	0.4224	5.5407	125.5143	35.0372
4	1.7139	0.07	0.1904	3.479	0.2132	0.388	0.1313	-0.118	-0.0132	-0.1199	0.0458	-0.4455	0.1171	-0.22	-0.1402	0.6715	0.0508	-0.13	0.6306	0.0528	0.5871	28.382	123.2711	22.7613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:171)	A	1 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 172:399)	A	172 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:102)	B	1 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 103:399)	B	103 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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