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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3edx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Serine protease / Acute phase / Blood coagulation / Cleavage on pair of basic residues / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Kringle / Protease / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / thrombin-activated receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Regulation of Complement cascade ...Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / thrombin-activated receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Regulation of Complement cascade / G alpha (q) signalling events / Cell surface interactions at the vascular wall / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / negative regulation of proteolysis / lipopolysaccharide binding / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / peptidase activity / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Gandhi, P.S. / Page, M.J. / Chen, Z. / Bush-pelc, L. / Di Cera, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Molecular Basis for the Kinetic Differences of the W215A/E217A Mutant of Human and Murine Thrombin 著者: Gandhi, P.S. / Page, M.J. / Chen, Z. / Bush-Pelc, L. / Di Cera, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: The Anticoagulant Thrombin Mutant W215/E217A Has a Collapsed Primary Specificity Pocket 著者: Pineda, A.O. / Chen, Z. / Caccia, S. / Cantwell, A.M. / Savvides, S.N. / Waksman, G. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3edx.cif.gz | 198.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3edx.ent.gz | 158.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3edx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3edx_validation.pdf.gz | 511.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3edx_full_validation.pdf.gz | 541.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3edx_validation.xml.gz | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3edx_validation.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5105.731 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: F2, Cf2 / プラスミド: HPC4-pNUT 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P19221, thrombin #2: タンパク質 | 分子量: 29795.461 Da / 分子数: 3 / Mutation: W215A, E217A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: F2, Cf2 / プラスミド: HPC4-pNUT 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P19221, thrombin #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.81 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 71558 / Num. obs: 67622 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5642 / % possible all: 79.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1TQ0 解像度: 2.4→32.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 219529.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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