[日本語] English
万見
- PDB-3edl: Kinesin13-Microtubule Ring complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3edl
タイトルKinesin13-Microtubule Ring complex
要素
  • (Tubulin alpha-1A ...) x 2
  • Beta tubulin
  • Kinesin-like protein KIF2C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Kinesin / Kinesin13 / Kin-I / M-Kinesin / Microtubule / Tubulin / depolymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / metaphase chromosome alignment / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins ...regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / metaphase chromosome alignment / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / MHC class II antigen presentation / microtubule plus-end binding / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / kinesin complex / mitotic metaphase chromosome alignment / microtubule-based movement / chromosome, centromeric region / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-CN2 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1D chain / Kinesin-like protein KIF2C
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28 Å
データ登録者Tan, D. / Rice, W.J. / Sosa, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the kinesin13-microtubule ring complex.
著者: Dongyan Tan / William J Rice / Hernando Sosa /
要旨: To investigate the mechanism of kinesin13-induced microtubule depolymerization, we have calculated a three-dimensional (3D) map of the kinesin13-microtubule ring complex, using cryo-electron ...To investigate the mechanism of kinesin13-induced microtubule depolymerization, we have calculated a three-dimensional (3D) map of the kinesin13-microtubule ring complex, using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image analysis. An atomic model of the complex was produced by docking the crystal structures of tubulin and a kinesin13 motor domain (MD) into the 3D map. The model reveals a snapshot of the depolymerization mechanism by providing a 3D view of the complex formed between the kinesin13 MD and a curved tubulin protofilament (pf). It suggests that contacts mediated by kinesin13 class-specific residues in the putative microtubule-binding site stabilize intra-dimer tubulin curvature. In addition, a tubulin-binding site on the kinesin13 MD was identified. Mutations at this class-conserved site selectively disrupt the formation of microtubule-associated ring complexes.
履歴
登録2008年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5027
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Beta tubulin
D: Kinesin-like protein KIF2C
F: Tubulin alpha-1A chain
G: Beta tubulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,02116
ポリマ－237,1595
非ポリマー3,86311
水1,928107
1
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Beta tubulin
D: Kinesin-like protein KIF2C
F: Tubulin alpha-1A chain
G: Beta tubulin
ヘテロ分子
x 33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,953,707528
ポリマ－7,826,238165
非ポリマー127,469363
水1,18966
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation32
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
transform to helical frame1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 33 / Rise per n subunits: 5.506 Å / Rotation per n subunits: 168.1 °)

-
要素

-
Tubulin alpha-1A ... , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 1 / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 50107.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P02550
#4: タンパク質 Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 1 / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 50163.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P02550

-
タンパク質 , 2種, 3分子 BGD

#2: タンパク質 Beta tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 Kinesin-like protein KIF2C / Mitotic centromere-associated kinesin / MCAK


分子量: 37072.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DmKlp10A / プラスミド: pRSET B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q922S8

-
非ポリマー , 8種, 118分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#10: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 化合物 ChemComp-CN2 / 2-MERCAPTO-N-[1,2,3,10-TETRAMETHOXY-9-OXO-5,6,7,9-TETRAHYDRO-BENZO[A]HEPTALEN-7-YL]ACETAMIDE / N-デアセチル-N-(2-メルカプトアセチル)コルヒチン


分子量: 431.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6S
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細DBREF IS NOT PROVIDED BECAUSE THE STRUCTURES USED TO GENERATE THE MODELS WERE DERIVED FROM ...DBREF IS NOT PROVIDED BECAUSE THE STRUCTURES USED TO GENERATE THE MODELS WERE DERIVED FROM DIFFERENT SOURCE THAN THE SOURCE OF THE PROTEIN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Kinesin13-Microtubule ring complex / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80 mM Pipes, pH 6.8, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 2 mM AMP-PNP, 0.02 mM taxol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh Quantifoil grid R2/4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SITUS COLORESモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4Custom３次元再構成
5MRC３次元再構成
6PHOELIX３次元再構成
7SUPRIM３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
3次元再構成手法: HELICAL / 解像度: 28 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.5 Å / 詳細: Helical Fourier-Bessel / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15403 0 247 107 15757

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る