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- PDB-3edd: Structural base for cyclodextrin hydrolysis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3edd
タイトルStructural base for cyclodextrin hydrolysis
要素Cyclomaltodextrinase
キーワードHYDROLASE / alpha-cyclodextrin binding / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrinase / cyclomaltodextrinase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase, C-terminal / Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase C-terminal domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase, C-terminal / Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase C-terminal domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cyclodextrin / Cyclomaltodextrinase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium sp. 92 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Buedenbender, S. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural base for enzymatic cyclodextrin hydrolysis
著者: Buedenbender, S. / Schulz, G.E.
履歴
登録2008年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrinase
B: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2047
ポリマ－136,0532
非ポリマー1,1515
水2,180121
1
A: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子

A: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2136
ポリマ－136,0532
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area3630 Å2
ΔGint-61.9 kcal/mol
Surface area42760 Å2
手法PISA
2
B: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子

B: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,1958
ポリマ－136,0532
非ポリマー2,1426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area5420 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area42970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.758, 183.758, 233.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrinase / FspCMD


分子量: 68026.492 Da / 分子数: 2 / 変異: E340Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium sp. 92 (バクテリア)
遺伝子: cdase / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KKG0, cyclomaltodextrinase
#2: 多糖 Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,6,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a1-f4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 3.8M NaCl, 3mM CaCl2, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 38718 / Num. obs: 44034 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.098
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 16.1 / Num. unique all: 38718 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.65→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU B: 13.415 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2319 6 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.223 36357 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.24 Å2 / Biso mean: 46.253 Å2 / Biso min: 7.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9540 0 70 121 9731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0229880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9021.95313410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.76551192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98723.098510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.666151554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3771592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1660.24705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.26666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2161.56084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39229480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.36734395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.644.53930
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 167 -
Rwork0.357 2635 -
all-2802 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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