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- PDB-3edb: Carbonmonoxy Sperm Whale Myoglobin at 120 K: Laser on [150 min] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3edb
タイトルCarbonmonoxy Sperm Whale Myoglobin at 120 K: Laser on [150 min]
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / haem protein / myoglobin / ligand migration / photodissociation / Heme / Iron / Metal-binding / Muscle protein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Tomita, A. / Sato, T. / Ichiyanagi, K. / Nozawa, S. / Ichikawa, H. / Chollet, M. / Kawai, F. / Park, S.-Y. / Koshihara, S. / Adachi, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
著者: Tomita, A. / Sato, T. / Ichiyanagi, K. / Nozawa, S. / Ichikawa, H. / Chollet, M. / Kawai, F. / Park, S.-Y. / Tsuduki, T. / Yamato, T. / Koshihara, S. / Adachi, S.
履歴
登録2008年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0725
ポリマ－17,2351
非ポリマー8374
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.434, 30.723, 63.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 %
解説: Structure determined using identical crystal among these related series
Mosaicity: 0.373 °
結晶化温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 6
詳細: 2.4M Ammonium sulfate, 10mM TrisHCl, 100mM Sodium phosphate, pH 6.0, batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW14A / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月27日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 38772 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.337 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.21-1.252.90.27833070.75984.7
1.25-1.33.70.24139540.714100
1.3-1.363.70.18939440.753100
1.36-1.433.70.15239150.779100
1.43-1.523.70.10939170.917100
1.52-1.643.70.08639561.04299.9
1.64-1.813.80.07139551.3499.9
1.81-2.073.80.05539581.72399.8
2.07-2.613.70.04739852.24999.8
2.61-503.60.04338812.93395.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MBC

1mbc


解像度: 1.21→15.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.141 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.909 / SU B: 1.177 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.043 / SU Rfree: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 1946 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.144 38755 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.2 Å2 / Biso mean: 14.744 Å2 / Biso min: 7.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→15.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 55 168 1440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8772.0641767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8575152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80124.25954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90115236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.723154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3070.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.5690.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0291.5759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93121207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3343545
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7784.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.82931304
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.5533173
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.4531270
LS精密化 シェル解像度: 1.212→1.243 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 116 -
Rwork0.163 2299 -
all-2415 -
obs--84.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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