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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ecl | ||||||
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タイトル | Carbonmonoxy Sperm Whale Myoglobin at 40 K: Laser on | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / haem protein / myoglobin / ligand migration / photodissociation / Heme / Iron / Metal-binding / Muscle protein / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomita, A. / Sato, T. / Ichiyanagi, K. / Nozawa, S. / Ichikawa, H. / Chollet, M. / Kawai, F. / Park, S.-Y. / Koshihara, S. / Adachi, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin 著者: Tomita, A. / Sato, T. / Ichiyanagi, K. / Nozawa, S. / Ichikawa, H. / Chollet, M. / Kawai, F. / Park, S.-Y. / Tsuduki, T. / Yamato, T. / Koshihara, S. / Adachi, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2zsnC ![]() 2zsoC ![]() 2zspC ![]() 2zsqC ![]() 2zsrC ![]() 2zssC ![]() 2zstC ![]() 2zsxC ![]() 2zsyC ![]() 2zszC ![]() 2zt0C ![]() 2zt1C ![]() 2zt2C ![]() 2zt3C ![]() 2zt4C ![]() 3e4nC ![]() 3e55C ![]() 3e5iC ![]() 3e5oC ![]() 3ecxC ![]() 3eczC ![]() 3ed9C ![]() 3edaC ![]() 3edbC ![]() 1mbcS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CMO / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.22 % / Mosaicity: 0.593 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 詳細: 2.4M Ammonium sulfate, 10mM TrisHCl, 100mM Sodium phosphate, pH 6.0, batch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 40 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.827 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 37319 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 15.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MBC 解像度: 1.21→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.178 / WRfactor Rwork: 0.142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.905 / SU B: 1.223 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.045 / SU Rfree: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.99 Å2 / Biso mean: 13.262 Å2 / Biso min: 6.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.21→19.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.212→1.244 Å / Total num. of bins used: 20
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