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万見
- PDB-3ebw: Crystal structure of major allergens, Per a 4 from cockroaches -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebw
タイトルCrystal structure of major allergens, Per a 4 from cockroaches
要素Per a 4 allergen
キーワードALLERGEN / Beta barrel / Cockroach
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipocalin-like domain / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Periplaneta americana (ワモンゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tan, Y.W. / Chan, S.L. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of two major allergens, Bla g 4 and Per a 4, from cockroaches and their IgE binding epitopes.
著者: Tan, Y.W. / Chan, S.L. / Ong, T.C. / Yit, L.Y. / Tiong, Y.S. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Per a 4 allergen
B: Per a 4 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1524
ポリマ－37,4432
非ポリマー7092
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Per a 4 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0762
ポリマ－18,7221
非ポリマー3541
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Per a 4 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0762
ポリマ－18,7221
非ポリマー3541
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.985, 62.985, 143.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Per a 4 allergen


分子量: 18721.648 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Periplaneta americana (ワモンゴキブリ)
プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: Q1M0Y5
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 % / Mosaicity: 0.478 °
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 4000, 2M NaCl, 3 % acetone, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9796, 0.9798, 0.9600
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97981
30.961
Reflection冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 35.47 / 数: 173246 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30335 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.710.0281.0625.6
4.625.8110010.0291.235.8
4.034.6210010.031.1255.8
3.664.0310010.0431.2545.8
3.43.6610010.061.2565.8
3.23.410010.091.2755.8
3.043.210010.1321.2185.8
2.913.0410010.2031.1325.8
2.82.9110010.3261.1385.7
2.72.810010.4731.0635.1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 30335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.177 / Net I/σ(I): 35.469
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.85.10.47330311.063100
2.8-2.915.70.32630091.138100
2.91-3.045.80.20330341.132100
3.04-3.25.80.13230551.218100
3.2-3.45.80.0930151.275100
3.4-3.665.80.0630321.256100
3.66-4.035.80.04330421.254100
4.03-4.625.80.0329981.125100
4.62-5.815.80.02930721.23100
5.81-505.60.02830471.06299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.8→42.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1226 4.7 %
Rwork0.231 --
obs-24319 93.4 %
溶媒の処理Bsol: 65.443 Å2
原子変位パラメータBiso max: 171.35 Å2 / Biso mean: 63.013 Å2 / Biso min: 20.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.947 Å20 Å20 Å2
2--1.947 Å20 Å2
3----3.895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 44 0 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.551
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4peg.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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