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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ebm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human translationally controlled tumour associated protein (hTCTP) mutant E12V | ||||||
![]() | Translationally-controlled tumor protein | ||||||
![]() | CALCIUM-BINDING PROTEIN / TCTP / E12V / Calcium / Cytoplasm / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cytoplasmic microtubule / multivesicular body / response to virus / spindle pole / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / regulation of apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process ...negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cytoplasmic microtubule / multivesicular body / response to virus / spindle pole / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / regulation of apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, B. / Dong, X. / Zhong, C. / Ding, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of the acceleration of the GDP-GTP exchange of human ras homolog enriched in brain by human translationally controlled tumor protein. 著者: Dong, X. / Yang, B. / Li, Y. / Zhong, C. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yz1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20660.516 Da / 分子数: 4 / 変異: E12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.1M Tris, pH 8.2, 22% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 28188 / Num. obs: 27483 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1YZ1 解像度: 2.6→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 28.599 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.602→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
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