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万見
- PDB-3eb8: VirA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eb8
タイトルVirA
要素Cysteine protease-like virA
キーワードHYDROLASE / beta sheet / alpha helix / Protease / Secreted / Thiol protease / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine protease-like VirA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Germane, K.L. / Spiller, B.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural and functional studies indicate that Shigella VirA is not a protease and does not directly destabilize microtubules.
著者: Germane, K.L. / Ohi, R. / Goldberg, M.B. / Spiller, B.W.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease-like virA
B: Cysteine protease-like virA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7462
ポリマ－79,7462
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Cysteine protease-like virA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8731
ポリマ－39,8731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Cysteine protease-like virA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8731
ポリマ－39,8731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Cysteine protease-like virA

B: Cysteine protease-like virA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7462
ポリマ－79,7462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_655-y+1,-x,-z+1/21
Buried area3090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.290, 91.290, 198.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease-like virA / Effector protein virA


分子量: 39872.914 Da / 分子数: 2 / 断片: delta44 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: virA, CP0181, pWR501_0191 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)
参照: UniProt: Q7BU69, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 33386 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→39.99 Å / SU ML: 0.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1658 4.97 %
Rwork0.217 --
obs0.22 33386 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.18 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0475 Å20 Å20 Å2
2--0.0475 Å20 Å2
3----0.095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5280 0 0 91 5371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47230.34251480.26312504X-RAY DIFFRACTION98
2.4723-2.55210.35581290.25082577X-RAY DIFFRACTION99
2.5521-2.64330.30061340.25122599X-RAY DIFFRACTION99
2.6433-2.74910.36221340.24322606X-RAY DIFFRACTION99
2.7491-2.87410.3661530.25452607X-RAY DIFFRACTION100
2.8741-3.02560.3071390.25662599X-RAY DIFFRACTION100
3.0256-3.21510.30291280.24062647X-RAY DIFFRACTION100
3.2151-3.46320.25521380.22922645X-RAY DIFFRACTION100
3.4632-3.81150.27821310.20972670X-RAY DIFFRACTION100
3.8115-4.36240.19491340.17412683X-RAY DIFFRACTION100
4.3624-5.4940.21271390.17492718X-RAY DIFFRACTION100
5.494-39.99290.25811510.21212873X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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