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万見
- PDB-3eak: NbBCII10 humanized (FGLA mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eak
タイトルNbBCII10 humanized (FGLA mutant)
要素NbBCII10-FGLA
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / nanobody / humanization / VHH domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Vincke, C. / Loris, R. / Saerens, D. / Martinez-Rodriguez, S. / Muyldermans, S. / Conrath, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: General strategy to humanize a camelid single-domain antibody and identification of a universal humanized nanobody scaffold.
著者: Vincke, C. / Loris, R. / Saerens, D. / Martinez-Rodriguez, S. / Muyldermans, S. / Conrath, K.
履歴
登録2008年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NbBCII10-FGLA
B: NbBCII10-FGLA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0673
ポリマ－29,9712
非ポリマー961
水3,693205
1
A: NbBCII10-FGLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9861
ポリマ－14,9861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NbBCII10-FGLA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0822
ポリマ－14,9861
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.585, 70.750, 50.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-197-

HOH

21A-198-

HOH

-
要素

#1: 抗体 NbBCII10-FGLA


分子量: 14985.692 Da / 分子数: 2
変異: S11L, A14P, T23A, E47G, R48L, A78S, V82L, T83Y, N88S, K90R, P91A, I96V, Q123L
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE 13 MUTATIONS S11L, A14P, T23A, E47G, R48L, A78S, V82L, T83Y, N88S, K90R, P91A, I96V, Q123L

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Na-Hepes pH 7.5, 2% PEG 400, 2M NH4(SO4)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.909 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 20171 / Num. obs: 20171 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rsym value: 0.196 / Net I/σ(I): 9.99
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1998 / Rsym value: 0.607 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1zmy

1zmy


解像度: 1.95→50 Å / Isotropic thermal model: individual isotropic B-factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used mli target in cns including global anisotropic b-factor correction and bulk solvent correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1584 -random
Rwork0.215 ---
all-20171 --
obs-20171 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.414 Å20 Å20 Å2
2---5.764 Å20 Å2
3---4.349 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 5 205 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0058
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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