PDB-3eag: The crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eag

タイトル

The crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase (MPL) from Neisseria meningitides

要素

UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase

キーワード

LIGASE / Neisseria meningitidis MC58 / UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramate-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate ligase / acid-amino acid ligase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Chang, C. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase (MPL) from Neisseria meningitides
著者: Chang, C. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eag.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eag.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eag_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eag_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	3eag_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3eag_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5r1r-2 4lf1-2 4kk6-1 4kjp-1 1hm6-d 4nas-2 3det-1 5kye-1 4mqx-1 6uuo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC89343

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase

B: UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.497, 83.800, 143.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase 分子量: 35889.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) 遺伝子: mpl-2, mpl-1, NMB1145, NMB1183 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative 参照: UniProt: Q9JRY9, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 12% PEG20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 26427 / Num. obs: 26374 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 55.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.55→2.57 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 613 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 15.569 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24255	1331	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18324	-	-	-
all	0.18623	26315	-	-
obs	0.18623	26315	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4953	0	12	87	5052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.935	6916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.097	5	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.265	24.213	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.879	15	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.302	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.292	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.697	1.5	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.23	2	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.756	3	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.806	4.5	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.553→2.62 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	87	-
R_work	0.291	1767	-
obs	-	1854	96.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1598	-0.7421	-0.0806	2.33	0.2688	3.7765	0.1539	-0.1817	-0.0604	0.0766	-0.0144	0.1737	-0.2098	-0.3866	-0.1396	0.031	0.0195	0.0498	-0.0514	0.0395	0.0129	-7.2906	70.4957	53.7268
2	0.4889	-0.6063	-0.3837	2.4419	-2.4751	5.4539	0.1827	-0.1104	-0.1272	-0.0537	-0.1232	-0.1214	0.3813	-0.0449	-0.0594	-0.0685	0.0104	-0.0045	-0.0959	0.023	-0.059	-0.8434	55.3408	58.9687
3	3.0214	0.456	-0.7027	5.5589	-1.5499	4.9568	0.1757	-0.4638	0.2412	0.4964	-0.1921	0.0291	-0.4841	0.1856	0.0164	-0.0112	0.0074	-0.0251	-0.0389	-0.0101	-0.1897	-0.3796	59.2225	75.8648
4	2.3165	0.3524	-0.9463	3.9915	-0.4322	5.6418	-0.0719	0.0583	-0.296	-0.1124	-0.0433	0.2548	0.2928	-0.2844	0.1152	-0.0878	0.0196	0.0088	-0.1717	0.0259	-0.0843	-2.9582	41.4068	62.9297
5	4.7154	3.0499	-0.9021	9.253	-1.3583	7.1809	0.0439	-0.7979	-0.5166	0.7163	-0.2136	0.4197	0.1998	-0.3611	0.1697	-0.0679	-0.0143	0.0405	0.0531	0.1377	-0.1602	-5.8952	43.9908	84.2817
6	3.5371	0.7567	-1.3834	4.4254	-2.9141	8.5678	-0.0906	-0.0498	-0.1809	-0.1674	-0.0936	-0.6363	0.3104	1.1132	0.1842	-0.2483	0.0777	0.0266	0.0689	0.0038	0.0801	21.3409	48.2191	48.1815
7	3.2399	-0.7563	3.6143	0.3904	-0.174	6.1287	0.0003	0.0279	-0.0623	-0.0564	-0.0067	-0.2249	-0.0182	-0.2402	0.0064	-0.0971	0.0141	0.1035	-0.1345	-0.0336	-0.1031	6.3431	52.8879	41.1957
8	4.1249	1.5244	0.3161	4.4721	0.9134	5.2435	-0.0822	0.1254	0.0445	-0.6413	0.0559	-0.5444	-0.4148	0.483	0.0263	-0.039	-0.0511	0.1539	-0.1597	0.0034	-0.0912	12.9774	57.7557	25.8089
9	5.0174	0.4676	1.1142	6.0376	0.4844	5.8297	-0.0093	0.4815	-0.1356	-1.213	-0.1229	0.1127	0.0065	-0.2655	0.1322	0.1668	-0.0452	0.0808	-0.1793	0.0096	-0.2691	1.3082	51.5278	13.4122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	114 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	92 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	170 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	114 - 169
11	X-RAY DIFFRACTION	9	B	254 - 321

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