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- PDB-3eag: The crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eag
タイトルThe crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase (MPL) from Neisseria meningitides
要素UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase
キーワードLIGASE / Neisseria meningitidis MC58 / UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate ligase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Murein peptide ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...Murein peptide ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylmuramate--L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptandioate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Chang, C. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase (MPL) from Neisseria meningitides
著者: Chang, C. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase
B: UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9634
ポリマ－71,7792
非ポリマー1842
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.497, 83.800, 143.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase


分子量: 35889.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
遺伝子: mpl-2, mpl-1, NMB1145, NMB1183 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative
参照: UniProt: Q9JRY9, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 12% PEG20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 26427 / Num. obs: 26374 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.57 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 613 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.569 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24255 1331 5.1 %RANDOM
Rwork0.18324 ---
all0.18623 26315 --
obs0.18623 26315 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4953 0 12 87 5052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9356916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0975648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26524.213235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87915785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.53264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2325094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75632080
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8064.51821
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.553→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 87 -
Rwork0.291 1767 -
obs-1854 96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1598-0.7421-0.08062.330.26883.77650.1539-0.1817-0.06040.0766-0.01440.1737-0.2098-0.3866-0.13960.0310.01950.0498-0.05140.03950.0129-7.290670.495753.7268
20.4889-0.6063-0.38372.4419-2.47515.45390.1827-0.1104-0.1272-0.0537-0.1232-0.12140.3813-0.0449-0.0594-0.06850.0104-0.0045-0.09590.023-0.059-0.843455.340858.9687
33.02140.456-0.70275.5589-1.54994.95680.1757-0.46380.24120.4964-0.19210.0291-0.48410.18560.0164-0.01120.0074-0.0251-0.0389-0.0101-0.1897-0.379659.222575.8648
42.31650.3524-0.94633.9915-0.43225.6418-0.07190.0583-0.296-0.1124-0.04330.25480.2928-0.28440.1152-0.08780.01960.0088-0.17170.0259-0.0843-2.958241.406862.9297
54.71543.0499-0.90219.253-1.35837.18090.0439-0.7979-0.51660.7163-0.21360.41970.1998-0.36110.1697-0.0679-0.01430.04050.05310.1377-0.1602-5.895243.990884.2817
63.53710.7567-1.38344.4254-2.91418.5678-0.0906-0.0498-0.1809-0.1674-0.0936-0.63630.31041.11320.1842-0.24830.07770.02660.06890.00380.080121.340948.219148.1815
73.2399-0.75633.61430.3904-0.1746.12870.00030.0279-0.0623-0.0564-0.0067-0.2249-0.0182-0.24020.0064-0.09710.01410.1035-0.1345-0.0336-0.10316.343152.887941.1957
84.12491.52440.31614.47210.91345.2435-0.08220.12540.0445-0.64130.0559-0.5444-0.41480.4830.0263-0.039-0.05110.1539-0.15970.0034-0.091212.977457.755725.8089
95.01740.46761.11426.03760.48445.8297-0.00930.4815-0.1356-1.213-0.12290.11270.0065-0.26550.13220.1668-0.04520.0808-0.17930.0096-0.26911.308251.527813.4122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 113
3X-RAY DIFFRACTION2A170 - 181
4X-RAY DIFFRACTION3A114 - 169
5X-RAY DIFFRACTION4A182 - 253
6X-RAY DIFFRACTION5A254 - 321
7X-RAY DIFFRACTION6B1 - 91
8X-RAY DIFFRACTION7B92 - 113
9X-RAY DIFFRACTION7B170 - 181
10X-RAY DIFFRACTION8B114 - 169
11X-RAY DIFFRACTION9B254 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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