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- PDB-3e9v: Crystal structure of human B-cell Translocation Gene 2 (BTG2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9v
タイトルCrystal structure of human B-cell Translocation Gene 2 (BTG2)
要素Protein BTG2
キーワードtranscription regulator / B-cell Translocation Gene 2 / BTG2 / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Transcription / Transcription regulation / New York SGX Research Center for Structural Genomics / ANTIPROLIFERATIVE PROTEIN / TUMOUR SUPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus development / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of neuroblast proliferation / central nervous system neuron development / skeletal muscle cell differentiation / associative learning / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of mitotic cell cycle / neuroblast proliferation ...dentate gyrus development / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of neuroblast proliferation / central nervous system neuron development / skeletal muscle cell differentiation / associative learning / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of mitotic cell cycle / neuroblast proliferation / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / response to organic cyclic compound / response to peptide hormone / transcription corepressor activity / neuron projection development / negative regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / DNA damage response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BTG family / Anti-proliferative protein, N-terminal domain / BTG family signature 1. / BTG family signature 2. / Anti-proliferative protein / BTG-like domain superfamily / BTG family / tob/btg1 family / Actin; Chain A, domain 4 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Hu, S. / Maletic, M. / Freeman, J. / Tarun, G. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human B-cell Translocation Gene 2 (BTG2)
著者: Sampathkumar, P.
履歴
登録2008年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BTG2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7713
ポリマ－13,6471
非ポリマー1242
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.535, 41.023, 68.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein BTG2 / B-cell Translocation Gene 2 / BTG family member 2 / NGF-inducible anti-proliferative protein PC3


分子量: 13647.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTG2, PC3 / プラスミド: BS-pSGX4(BS); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: P78543
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 0.2M Magnesium Chloride, 25% PEG 3350, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.03 Å / Num. obs: 12646 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.69
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.7913.40.4571.52398817850.45797.6
1.79-1.913.70.3182.12358117220.31898.3
1.9-2.0313.80.2093.32202815940.20998.8
2.03-2.19140.1424.82103215020.14298.3
2.19-2.414.20.16.81995514060.199.4
2.4-2.6914.40.0798.31829012700.07999.2
2.69-3.114.30.06410.41632811380.06499.6
3.1-3.814.10.05311.3140879990.05399.8
3.8-5.3813.60.04712.6104537710.04799.7
5.38-41.0311.70.04612.753884590.04697.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.21データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D5R

2d5r


解像度: 1.7→35.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / SU Rfree: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 632 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 12613 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.76 Å2 / Biso mean: 24.514 Å2 / Biso min: 12.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数945 0 8 66 1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.9831347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86831641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.215133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.24322.77836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.93115158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.658156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.5673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2711.5247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50121010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3693394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1614.5329
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 48 -
Rwork0.302 854 -
all-902 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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