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万見
- PDB-3e9j: Structure of the charge-transfer intermediate of the transmembran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9j
タイトルStructure of the charge-transfer intermediate of the transmembrane redox catalyst DsbB
要素
  • Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
  • Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB
キーワードOXIDOREDUCTASE / membrane protein complex / mechanism of disulfide bond formation / oxidative protein folding in Escherichia coli periplasm / X-ray crystal structure / charge transfer reaction intermediate / four helix bundle / Periplasm / Redox-active center / Cell inner membrane / Cell membrane / Chaperone / Electron transport / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, quinone or similar compound as acceptor / cellular response to antibiotic / ubiquinone binding / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / electron transfer activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bromodomain-like / DsbB-like / Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain ...Bromodomain-like / DsbB-like / Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UBIQUINONE-1 / Disulfide bond formation protein B / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Malojcic, G. / Owen, R.L. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2008
タイトル: Preparation and structure of the charge-transfer intermediate of the transmembrane redox catalyst DsbB.
著者: Malojcic, G. / Owen, R.L. / Grimshaw, J.P. / Glockshuber, R.
履歴
登録2008年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
C: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB
E: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
F: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6506
ポリマ－84,1504
非ポリマー5012
水00
1
B: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
C: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3253
ポリマ－42,0752
非ポリマー2501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
E: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
F: Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3253
ポリマ－42,0752
非ポリマー2501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.305, 103.105, 125.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21E
12C
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSBA1 - 1881 - 188
21LYSLYSEC1 - 1881 - 188
12UQ1UQ1CB - E14 - 50114
22UQ1UQ1FD - F14 - 50114

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA / Thiol:disulfide interchange protein dsbA


分子量: 21122.959 Da / 分子数: 2 / 変異: C33A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: pDsbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AEG4, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: タンパク質 Thiol/disulfide oxidoreductase DsbB / Disulfide bond formation protein B


分子量: 20951.928 Da / 分子数: 2 / 変異: C8A, C49V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: HM125 / 遺伝子: dsbB, roxB, ycgA, b1185, JW5182 / プラスミド: pDsbB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125
参照: UniProt: P0A6M2, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; キノンおよび類縁体が電子受容体
#3: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.110001 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.929558 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 23% PEG550 MME, 50 mM Tris pH 8.9, 1.0 M ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→125 Å / Num. obs: 18142 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CLARAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HI7

2hi7


解像度: 3.7→125.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 67.62 / SU ML: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.324 / ESU R Free: 0.79 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37903 726 4.1 %RANDOM
Rwork0.33733 ---
obs0.33893 17000 97.22 %-
all-18142 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 160.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.32 Å20 Å2-2.51 Å2
2--20.62 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→125.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 36 0 5148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.967190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97338484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.535638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.47724.455220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.54915864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.23940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.22511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.22669
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3880.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1360.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1B24790.03
2C18280.02
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.597 45 -
Rwork0.507 1251 -
obs--98.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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