PDB-3e9e: Structure of full-length H11A mutant form of TIGAR from Danio rerio

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e9e

タイトル

Structure of full-length H11A mutant form of TIGAR from Danio rerio

要素

Zgc:56074

キーワード

HYDROLASE / histidine phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pentose-phosphate shunt / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / negative regulation of glycolytic process / catalytic activity / autophagy / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / mitochondrion / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Li, H. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: TIGAR (TP53 induced glycolysis and apoptosis regulator) is a fructose-2,6- and fructose-1,6-bisphosphatase
著者: Li, H. / Jogl, G.

履歴

登録	2008年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e9e.cif.gz	108.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e9e.ent.gz	87.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e9e_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e9e_full_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示
XML形式データ	3e9e_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	3e9e_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e9cC 3e9dC 3dcy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xq3-d 3e9d-2 1e3k-2 2f5t-d 5oyo-1 1fcx-d 5a93-d 1fx4-d 3huo-1 5ick-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Zgc:56074

B: Zgc:56074

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zgc:56074

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Zgc:56074

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.358, 91.358, 155.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Zgc:56074 分子量: 29543.584 Da / 分子数: 2 / 変異: H11A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: zgc:56074 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: Q7ZVE3
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 3% PEG 8000, 100 mM calcium acetate, 100mM imidazole, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2008年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 42544 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 0.974

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	3.5	0.446	4185	0.775	1	97.5
2.18-2.26	3.8	0.36	4213	0.833	1	99
2.26-2.37	3.9	0.296	4245	0.885	1	99.2
2.37-2.49	3.9	0.222	4229	0.932	1	99.3
2.49-2.65	3.9	0.177	4273	1.016	1	99.4
2.65-2.85	3.9	0.131	4283	1.047	1	99.6
2.85-3.14	3.9	0.092	4259	1.049	1	99.6
3.14-3.59	3.9	0.068	4273	1.07	1	99.7
3.59-4.52	3.8	0.057	4310	1.022	1	99.6
4.52-30	3.8	0.053	4274	1.08	1	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
COMO		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.188 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	2151	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	42534	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.68 Å² / B_iso mean: 29.925 Å² / B_iso min: 15.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	-0.14 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3743	0	10	330	4083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.954	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.532	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.865	23.478	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.359	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.426	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.5	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	2	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	3	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.395	4.5	1338

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	151	-
R_work	0.231	2887	-
all	-	3038	-
obs	-	-	97.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.202	0.406	0.5889	1.392	0.0596	1.1141	-0.1192	-0.0092	0.0582	-0.1114	-0.0517	-0.0442	-0.1936	-0.0225	0.1709	0.1229	-0.0377	-0.0458	0.0282	0.0124	0.0787	91.7189	25.8821	-0.2847
2	2.1959	0.2186	0.2016	0.5285	0.2192	0.725	-0.1048	-0.1301	-0.0856	-0.0019	0.0284	-0.0255	-0.0868	-0.1173	0.0764	0.0159	0.0207	-0.0102	0.1254	-0.0576	0.0623	66.6451	8.5857	25.9225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 149	1 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	160 - 250	160 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 148	2 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	160 - 250	160 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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