ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show COMO位相決定 Show REFMAC5.5.0044精密化 Show PDB_EXTRACT3.006 データ抽出 Show HKL-2000データ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.954 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.931 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / SU B : 9.188 / SU ML : 0.112 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.169 / ESU R Free : 0.159 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.234 2151 5.1 % RANDOM Rwork 0.192 - - - obs 0.194 42534 99.2 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 84.68 Å2 / Biso mean : 29.925 Å2 / Biso min : 15.55 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.28 Å2 -0.14 Å2 0 Å2 2- - -0.28 Å2 0 Å2 3- - - 0.42 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3743 0 10 330 4083
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.021 3820 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.248 1.954 5155 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.532 5 476 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.865 23.478 184 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.359 15 663 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.426 15 34 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.082 0.2 576 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 2896 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.742 1.5 2378 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.36 2 3817 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.087 3 1442 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.395 4.5 1338
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.276 151 - Rwork 0.231 2887 - all - 3038 - obs - - 97.06 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.202 0.406 0.5889 1.392 0.0596 1.1141 -0.1192 -0.0092 0.0582 -0.1114 -0.0517 -0.0442 -0.1936 -0.0225 0.1709 0.1229 -0.0377 -0.0458 0.0282 0.0124 0.0787 91.7189 25.8821 -0.2847 2 2.1959 0.2186 0.2016 0.5285 0.2192 0.725 -0.1048 -0.1301 -0.0856 -0.0019 0.0284 -0.0255 -0.0868 -0.1173 0.0764 0.0159 0.0207 -0.0102 0.1254 -0.0576 0.0623 66.6451 8.5857 25.9225
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA1 - 149 1 - 149 2 X-RAY DIFFRACTION 1 AA160 - 250 160 - 250 3 X-RAY DIFFRACTION 2 BB2 - 148 2 - 148 4 X-RAY DIFFRACTION 2 BB160 - 250 160 - 250