PDB-3e9c: Structure of a tryptic core fragment of TIGAR from Danio rerio

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e9c

タイトル

Structure of a tryptic core fragment of TIGAR from Danio rerio

要素

Zgc:56074

キーワード

HYDROLASE / histidine phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pentose-phosphate shunt / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / negative regulation of glycolytic process / catalytic activity / autophagy / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / mitochondrion / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, H. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: TIGAR (TP53 induced glycolysis and apoptosis regulator) is a fructose-2,6- and fructose-1,6-bisphosphatase
著者: Li, H. / Jogl, G.

履歴

登録	2008年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e9c.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e9c.ent.gz	80.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e9c_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e9c_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	3e9c_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	3e9c_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e9dC 3e9eC 3dcy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oiw-d 5usj-2 4u8t-3 4lhw-5 2bme-4 3tfy-1 5o2d-d 3law-4 5xr6-2 1u8z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Zgc:56074

B: Zgc:56074

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zgc:56074

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Zgc:56074

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.672, 136.672, 66.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Zgc:56074 分子量: 29610.650 Da / 分子数: 2 / 断片: tryptic core fragment / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: zgc:56074 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: Q7ZVE3
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1 M potassium sodium tartrate, 100 mM MES, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 47347 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 0.97

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	5.8	0.439	9353	0.884	1	99.3
2.07-2.15	5.8	0.322	9306	0.909	1	99
2.15-2.25	5.8	0.235	9357	0.942	1	99.6
2.25-2.37	5.8	0.184	9399	0.959	1	99.7
2.37-2.52	5.9	0.137	9405	1.001	1	99.6
2.52-2.71	5.9	0.104	9378	1.032	1	99.8
2.71-2.99	5.9	0.07	9411	1.012	1	99.9
2.99-3.42	5.9	0.048	9390	0.978	1	99.9
3.42-4.31	5.9	0.037	9391	1.029	1	100
4.31-50	5.9	0.03	9377	0.946	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	42.415	0.897	0.492	0.167	0.309
2	Se	33.493	0.041	0.552	0.036	0.323
3	Se	38.096	0.568	0.53	0.037	0.278
4	Se	48.198	0.158	0.667	0.051	0.317
5	Se	47.127	0.325	0.689	0.004	0.292
6	Se	37.897	0.264	0.748	0.012	0.294
7	Se	35.305	0.712	0.488	0.027	0.248
8	Se	45.544	0.1	0.665	0.082	0.338
9	Se	60	0.378	0.898	0.025	0.384
10	Se	26.256	0.532	0.412	0.117	0.206
11	Se	60	0.643	0.071	0.154	0.214
12	Se	60	0.498	0.702	0.023	0.119
13	Se	24.694	0.866	0.469	0.096	0.067

Phasing dm

FOM : 0.55 / FOM acentric: 0.54 / FOM centric: 0.56 / 反射: 47394 / Reflection acentric: 45438 / Reflection centric: 1956

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-37.163	0.92	0.94	0.8	2106	1867	239
3.6-5.7	0.91	0.92	0.81	6439	6042	397
2.9-3.6	0.79	0.79	0.72	8019	7666	353
2.5-2.9	0.58	0.58	0.48	8041	7745	296
2.1-2.5	0.38	0.38	0.32	14110	13675	435
2-2.1	0.2	0.2	0.2	8679	8443	236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.183 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	2406	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	47347	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.19 Å² / B_iso mean: 29.33 Å² / B_iso min: 12.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3160	0	2	483	3645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	1.949	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.714	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.754	23.203	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.914	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.68	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.726	1.5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.384	2	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.117	3	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.509	4.5	1124

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	202	-
R_work	0.263	3194	-
all	-	3396	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8895	0.1462	-0.3184	0.4833	-0.0196	0.676	0.0249	-0.0166	0.0368	-0.0334	-0.0005	0.0154	0.0524	0.0466	-0.0245	0.0178	-0.0118	-0.0007	0.0423	-0.0002	0.0046	-33.5318	61.8781	0.865
2	1.2579	-0.0804	-0.2884	0.6571	-0.1209	0.7303	-0.0065	-0.037	0.0437	0.0188	0.0225	0.0477	-0.0191	0.0026	-0.016	0.0029	-0.0002	0.0068	0.0088	-0.0009	0.0228	-67.1601	60.5815	11.6442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 14	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	29 - 92	29 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	122 - 153	122 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	158 - 250	158 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 14	2 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	29 - 92	29 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	119 - 148	119 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	160 - 250	160 - 250

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