PDB-3e84: Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+84

タイトル

Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily

要素

Acylneuraminate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 2-keto-3-deoxynononic acid 9-phosphate phosphohydrolase / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulopyranosonate 9-phosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-Function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate Phosphatase Defines Specificity Elements in Type C0 Haloalkanoate Dehalogenase Family Members.
著者: Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.

履歴

登録	2008年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月31日	Group: Refinement description
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e84.cif.gz	300.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e84.ent.gz	244.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e84_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e84_full_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示
XML形式データ	3e84_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	3e84_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e81C 3e8mC 1k1eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e8m-d 3e81-d 4hgo-d 4hgr-1 4hgq-2 4hgq-1 4hgr-2 2j5v-d 2vx2-3 2r8z-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

75 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.086, 107.336, 75.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1268- HOH
2	1	B-1273- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acylneuraminate cytidylyltransferase 分子量: 18362.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT1713 / プラスミド: pET-3A-626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A712

-
非ポリマー , 5種, 525分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION 分子量: 247.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% w/v polyethelene glycol (PEG) 4,000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 10 mM magnesium chloride and 50 mM sodium tungstate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 57453 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5662 / Χ²: 1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1K1E

1k1e

解像度: 1.85→21.926 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.878 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	5502	5.09 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.178	57417	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.495 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.62 Å² / B_iso mean: 27.393 Å² / B_iso min: 10.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.254 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.654 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.447 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→21.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5180	0	56	512	5748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	7359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.871	2021

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.85-1.869	0.312	192	0.284	3291	3483	3291	95
1.869-1.891	0.298	186	0.262	3454	3640	3454	99
1.891-1.914	0.267	191	0.252	3401	3592	3401	99
1.914-1.938	0.274	231	0.237	3394	3625	3394	99
1.938-1.964	0.253	189	0.217	3494	3683	3394	99
1.964-1.99	0.233	178	0.217	3432	3610	3432	99
1.99-2.019	0.239	187	0.203	3443	3630	3443	99
2.019-2.049	0.29	158	0.206	3459	3617	3459	99
2.049-2.081	0.228	200	0.191	3455	3655	3455	99
2.081-2.115	0.226	184	0.171	3449	3633	3449	99
2.115-2.151	0.199	181	0.165	3500	3681	3500	99
2.151-2.191	0.209	201	0.165	3348	3549	3348	99
2.191-2.233	0.211	177	0.158	3530	3707	3530	99
2.233-2.278	0.223	175	0.163	3445	3620	3445	99
2.278-2.328	0.199	146	0.154	3422	3568	3422	99
2.328-2.382	0.194	210	0.158	3455	3665	3455	99
2.382-2.441	0.237	187	0.167	3401	3588	3401	99
2.441-2.507	0.224	197	0.164	3406	3603	3406	98
2.507-2.581	0.168	173	0.161	3452	3625	3452	98
2.581-2.664	0.222	204	0.153	3391	3595	3391	98
2.664-2.759	0.208	200	0.162	3364	3564	3364	98
2.759-2.869	0.257	170	0.176	3403	3573	3403	98
2.869-3	0.205	182	0.166	3402	3584	3402	97
3-3.157	0.192	188	0.154	3411	3599	3411	98
3.157-3.355	0.202	183	0.161	3370	3553	3370	97
3.355-3.612	0.192	172	0.155	3425	3597	3425	98
3.612-3.974	0.191	151	0.138	3440	3591	3440	98
3.974-4.545	0.156	186	0.134	3386	3572	3386	98
4.545-5.709	0.174	146	0.143	3444	3590	3444	98
5.709-21.927	0.191	177	0.177	3365	3542	3365	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0854	0.11	0.0939	0.2945	0.1332	0.3676	-0.1367	0.057	0.0772	-0.1425	-0.1942	0.145	-0.398	0.1208	-0.0051	0.1322	0.0533	-0.0044	0.2695	-0.0529	0.2955	-17.0855	29.7277	24.4394
2	0.1887	-0.1012	-0.0955	0.0355	-0.0443	-0.0711	-0.0057	-0.0484	0.0727	-0.033	0.022	-0.0286	-0.0485	-0.0424	-0	0.1692	0.0091	-0.0039	0.17	-0.007	0.1817	5.4761	25.9968	22.343
3	0.0095	-0.0164	0.0089	-0.0081	-0.0271	0.0032	0.1581	0.2936	0.0813	-0.1446	0.0134	-0.2405	-0.2783	0.1114	0.0003	0.2652	-0.0277	0.0837	0.2035	0.0183	0.3063	9.3179	32.8592	18.8849
4	0.071	-0.0047	-0.0504	0.0466	-0.0364	-0.0034	0.0919	-0.1621	0.0347	-0.0659	0.0049	-0.0304	0.0756	-0.1779	-0	0.1878	-0.0026	0.0157	0.2134	0.0001	0.2139	3.1781	33.8254	26.009
5	-0.0385	-0.0972	-0.0418	0.0041	0.0231	-0.0069	-0.113	-0.2288	-0.0458	0.0898	0.3119	0.2145	-0.1266	0.1327	-0.0001	0.1834	0.0248	0.0238	0.2363	-0.0476	0.2244	-4.6746	34.8358	36.2958
6	0.0277	-0.0506	0.0435	0.028	-0.0168	0.0662	0.0696	-0.2035	-0.0381	-0.0027	-0.1262	-0.0067	-0.1396	0.0161	0.0002	0.2122	0.02	0.0577	0.2338	0.0107	0.2776	-12.114	36.8502	31.4451
7	0.0358	0.2284	-0.0102	0.1357	-0.0462	0.0688	0.0301	-0.0828	-0.1319	0.108	-0.0123	0.1987	0.0513	-0.02	0	0.1414	0.0151	0.0181	0.158	0.0079	0.1439	-6.3425	23.1858	32.5998
8	0.0223	-0.0128	-0.0181	0.0104	0.0223	0.0511	0.0765	-0.0457	-0.1128	0.0435	0.1242	0.131	0.2065	-0.0622	0	0.2179	0.0032	-0.0284	0.1677	0.0139	0.2481	-6.4516	13.6949	32.8008
9	-0.0064	-0.0277	-0.0077	0.0111	-0.0223	-0.0233	0.0986	0.2826	-0.2598	-0.2033	0.047	-0.0079	0.2214	-0.2141	-0.0001	0.2319	-0.0192	-0.0064	0.2308	-0.0283	0.3064	-5.9086	12.8109	21.7917
10	0.0187	0.0218	0.0359	-0.0428	-0.0136	-0.0279	0.0359	0.0044	-0.0644	0.0651	0.0857	-0.112	0.0422	0.049	-0.0001	0.185	0.0139	-0.0299	0.1652	-0.003	0.1632	-7.4094	21.1697	19.0104
11	-0.0095	0.0081	0.0228	-0.0075	0.0004	0.0059	-0.0196	-0.0002	0.0016	-0.1561	0.0276	-0.1364	0.0227	-0.1859	-0.0002	0.2507	-0.008	-0.0469	0.2292	0.0019	0.1873	-16.0012	23.8635	8.8432
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 85:89 )	B	85 - 89
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 90:95 )	B	90 - 95
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 96:111 )	B	96 - 111
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 112:117 )	B	112 - 117
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 118:133 )	B	118 - 133
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 134:138 )	B	134 - 138
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 139:158 )	B	139 - 158
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 159:164 )	B	159 - 164
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 1:5 )	C	1 - 5
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 6:27 )	C	6 - 27
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN C AND RESID 28:61 )	C	28 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 62:74 )	C	62 - 74
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN C AND RESID 75:84 )	C	75 - 84
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN C AND RESID 85:94 )	C	85 - 94
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN C AND RESID 95:111 )	C	95 - 111
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN C AND RESID 112:117 )	C	112 - 117
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN C AND RESID 118:127 )	C	118 - 127
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN C AND RESID 128:134 )	C	128 - 134
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN C AND RESID 135:158 )	C	135 - 158
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN C AND RESID 159:164 )	C	159 - 164
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN D AND RESID 1:5 )	D	1 - 5
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN D AND RESID 6:28 )	D	6 - 28
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN D AND RESID 29:61 )	D	29 - 61
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN D AND RESID 62:66 )	D	62 - 66
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN D AND RESID 67:74 )	D	67 - 74
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN D AND RESID 75:84 )	D	75 - 84
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN D AND RESID 85:95 )	D	85 - 95
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN D AND RESID 96:114 )	D	96 - 114
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN D AND RESID 115:135 )	D	115 - 135
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN D AND RESID 136:141 )	D	136 - 141
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN D AND RESID 142:158 )	D	142 - 158
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN D AND RESID 159:164 )	D	159 - 164
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN A AND RESID 801:801 ) OR ( CHAIN C AND RESID 803:803 ) OR ( CHAIN B AND RESID 802:802 ) OR ( CHAIN D AND RESID 804:804 )	A	801
50	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN A AND RESID 801:801 ) OR ( CHAIN C AND RESID 803:803 ) OR ( CHAIN B AND RESID 802:802 ) OR ( CHAIN D AND RESID 804:804 )	C	803
51	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN A AND RESID 801:801 ) OR ( CHAIN C AND RESID 803:803 ) OR ( CHAIN B AND RESID 802:802 ) OR ( CHAIN D AND RESID 804:804 )	B	802
52	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN A AND RESID 801:801 ) OR ( CHAIN C AND RESID 803:803 ) OR ( CHAIN B AND RESID 802:802 ) OR ( CHAIN D AND RESID 804:804 )	D	804
53	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN A AND RESID 802:803 ) OR ( CHAIN C AND RESID 804:804 ) OR ( CHAIN B AND RESID 803:803 )	A	802 - 803
54	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN A AND RESID 802:803 ) OR ( CHAIN C AND RESID 804:804 ) OR ( CHAIN B AND RESID 803:803 )	C	804
55	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN A AND RESID 802:803 ) OR ( CHAIN C AND RESID 804:804 ) OR ( CHAIN B AND RESID 803:803 )	B	803
56	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN A AND RESID 804:804 )	A	804
57	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN B AND RESID 804:1315 )	B	804 - 1315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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