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- PDB-3e80: Structure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degrada... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+80
タイトルStructure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degradation disaccharide product
要素Heparinase II protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LYASE / alpha and beta lyase fold / alpha6/alpha6 incomplete toroid
機能・相同性
機能・相同性情報


heparin lyase / heparin lyase activity / heparin-sulfate lyase / heparin-sulfate lyase activity / heparin proteoglycan catabolic process / heparin binding / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2750 / Heparinase II, C-terminal / : / Heparinase II C-terminal domain / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase ...Immunoglobulin-like - #2750 / Heparinase II, C-terminal / : / Heparinase II C-terminal domain / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Heparin and heparin-sulfate lyase / Heparin and heparin-sulfate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Shaya, D. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Catalytic mechanism of heparinase II investigated by site-directed mutagenesis and the crystal structure with its substrate.
著者: Shaya, D. / Zhao, W. / Garron, M.L. / Xiao, Z. / Cui, Q. / Zhang, Z. / Sulea, T. / Linhardt, R.J. / Cygler, M.
履歴
登録2008年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparinase II protein
B: Heparinase II protein
C: Heparinase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,96921
ポリマ－254,8763
非ポリマー4,09318
水9,656536
1
A: Heparinase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4188
ポリマ－84,9591
非ポリマー1,4597
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heparinase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3237
ポリマ－84,9591
非ポリマー1,3646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heparinase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2286
ポリマ－84,9591
非ポリマー1,2695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.280, 209.360, 59.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-847-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Heparinase II protein


分子量: 84958.664 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 24-772 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pedobacter heparinus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46080, UniProt: C6XZB6*PLUS

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha- ...alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 634.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a212h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4/a2-b1_a4-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-L-4-deoxy-Arap]{}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 379.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 548分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR'S NATIVE CLONE WAS SEQUENCED AND REVEALED ALA RATHER THAN PRO AT THIS POSITION. THE ...THE AUTHOR'S NATIVE CLONE WAS SEQUENCED AND REVEALED ALA RATHER THAN PRO AT THIS POSITION. THE AUTHORS BELIEVE THAT PRO IS A MISTAKE IN THE UNP DATABASE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→37.57 Å / Num. obs: 103320 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.62 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.3 / Scaling rejects: 3607
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.433.810.3024.43582293721.0590
2.43-2.534.670.2994.848064102651.0498.7
2.53-2.654.70.294.948543102841.0199
2.65-2.794.690.2645.148650103351.0199.2
2.79-2.964.680.2465.449084104431.0199.1
2.96-3.194.710.2056.348825103161.0299.2
3.19-3.514.690.1567.749288104411.0299.2
3.51-4.024.70.10111.249860104820.9799.2
4.02-5.064.740.06915.350763105310.9298.9
5.06-37.574.720.05915.951933108510.8798.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FUQ

1fuq


解像度: 2.35→37.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.801 / SU B: 21.972 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.511 / SU Rfree: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 5152 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 103320 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.09 Å2 / Biso mean: 24.105 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17931 0 249 536 18716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02218651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.97125263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78752238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96723.916858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.661153099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.01115102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3141.511148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.589217964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1537503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8014.57299
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 354 -
Rwork0.362 6464 -
all-6818 -
obs--88.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37591.0784-1.11831.2889-0.53461.06930.0878-0.16220.15510.0539-0.0985-0.1613-0.09880.24720.0107-0.1193-0.0098-0.03-0.0256-0.0063-0.05939.273115.47713.756
21.8087-0.1144-0.10761.04050.04250.9561-0.0069-0.0689-0.397-0.0096-0.0403-0.03490.15360.11450.0471-0.11920.0043-0.01-0.12630.0261-0.04719.65286.05317.02
33.4825-1.092-0.18931.7996-0.38561.513-0.0345-0.3862-0.67770.1669-0.00130.24670.1577-0.13860.0359-0.1015-0.0038-0.0156-0.04230.0784-0.0072-4.67987.96728.862
43.7399-0.364-0.79881.45020.03311.17560.14070.01310.71040.06390.00490.2801-0.1318-0.2644-0.1455-0.09810.02760.0168-0.03260.05030.198661.032149.62942.901
51.7472-0.1238-0.31221.2786-0.02660.72-0.02050.0695-0.2805-0.0258-0.01070.08110.0588-0.10340.0311-0.1317-0.0063-0.0226-0.09240.00410.032180.995120.76637.424
63.34290.9395-0.16921.61091.00891.2148-0.01190.405-0.4135-0.1525-0.085-0.01090.13340.15210.0969-0.06070.0141-0.0073-0.0415-0.0140.0593105.299123.77825.876
72.9985-1.27930.82151.7168-0.56931.35010.03450.0137-0.14440.02920.0248-0.08830.04520.1579-0.0594-0.1205-0.00180.029-0.0780.0048-0.0606139.696128.77441.945
82.2888-0.1866-0.14311.55960.15921.1522-0.0132-0.08020.60260.07480.0224-0.0984-0.10350.1012-0.0092-0.12560.00770.0366-0.12630.01410.1418119.885158.240.898
93.33880.9970.1631.8881-0.71751.20180.03320.38720.7187-0.1498-0.05170.3123-0.1728-0.140.0185-0.05720.0235-0.0065-0.05160.11580.231295.692157.18428.628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA26 - 3603 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2AA361 - 675338 - 652
3X-RAY DIFFRACTION3AA676 - 772653 - 749
4X-RAY DIFFRACTION4BB26 - 3603 - 337
5X-RAY DIFFRACTION5BB361 - 675338 - 652
6X-RAY DIFFRACTION6BB676 - 772653 - 749
7X-RAY DIFFRACTION7CC26 - 3603 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8CC361 - 675338 - 652
9X-RAY DIFFRACTION9CC676 - 772653 - 749

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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