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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+80 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degradation disaccharide product | ||||||||||||
![]() | Heparinase II protein | ||||||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / LYASE / alpha and beta lyase fold / alpha6/alpha6 incomplete toroid | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() heparin lyase / heparin lyase activity / heparin-sulfate lyase / heparin-sulfate lyase activity / heparin catabolic process / heparin binding / periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shaya, D. / Cygler, M. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic mechanism of heparinase II investigated by site-directed mutagenesis and the crystal structure with its substrate. 著者: Shaya, D. / Zhao, W. / Garron, M.L. / Xiao, Z. / Cui, Q. / Zhang, Z. / Sulea, T. / Linhardt, R.J. / Cygler, M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 369.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 84.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 117.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 84958.664 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 24-772 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 548分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE AUTHOR'S NATIVE CLONE WAS SEQUENCED AND REVEALED ALA RATHER THAN PRO AT THIS POSITION. THE ...THE AUTHOR'S NATIVE CLONE WAS SEQUENCED AND REVEALED ALA RATHER THAN PRO AT THIS POSITION. THE AUTHORS BELIEVE THAT PRO IS A MISTAKE IN THE UNP DATABASE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→37.57 Å / Num. obs: 103320 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.62 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.3 / Scaling rejects: 3607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FUQ 解像度: 2.35→37.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.801 / SU B: 21.972 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.511 / SU Rfree: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.09 Å2 / Biso mean: 24.105 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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