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- PDB-3e7w: Crystal structure of DLTA: Implications for the reaction mechanis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7w
タイトルCrystal structure of DLTA: Implications for the reaction mechanism of non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) adenylation domains
要素D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1
キーワードLIGASE / DLTA / NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE / NRPS / ADENYLATION DOMAIN / D-alanylation / D-alanine-Dalanyl / AMP / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase / D-alanine [D-alanyl carrier protein] ligase activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Yonus, H. / Neumann, P. / Zimmermann, S. / May, J.J. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of DltA. Implications for the reaction mechanism of non-ribosomal peptide synthetase adenylation domains
著者: Yonus, H. / Neumann, P. / Zimmermann, S. / May, J.J. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2008年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3803
ポリマ－56,9371
非ポリマー4422
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.564, 94.990, 132.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1 / DLTA PROTEIN / D-alanine-activating enzyme / DAE / D-alanine-D-alanyl carrier protein ligase / DCL


分子量: 56937.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: dltA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P39581, EC: 6.1.1.13
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9123 Å / 相対比: 1
Reflection数: 64552 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.21 / D res high: 3.04 Å / D res low: 99 Å / Num. obs: 20798 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
8.889984.810.0431.73
7.058.889710.0471.479
6.167.05239710.0541.391
5.596.1625198.210.0591.404
5.195.59110298.110.0541.32
4.895.19103298.710.051.286
4.644.89234999.310.051.328
4.444.64655798.910.051.203
4.274.44121999.610.0551.323
4.124.27702099.210.0621.276
3.994.12252499.210.061.292
3.883.99336298.810.0641.082
3.783.8899.410.0751.176
3.683.7899.210.081.239
3.63.6899.810.0831.101
3.523.699.610.0991.16
3.453.5299.910.1061.122
3.393.4599.510.1181.145
3.333.3999.610.1211.073
3.273.3399.510.1461.053
3.223.2799.510.1611.037
3.173.2299.410.1761.029
3.123.1799.510.2021.019
3.083.1299.310.2310.985
3.043.0889.910.2571.03
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. all: 26455 / Num. obs: 25439 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 38.783 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.92
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 2.73 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured obs: 9194 / Num. unique all: 3720 / Num. unique obs: 3362 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 90.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.816 / Data cutoff high absF: 4358166 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1503 5.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all-26455 --
obs-25261 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.715 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.52 Å2 / Biso mean: 41.12 Å2 / Biso min: 16.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.36 Å20 Å20 Å2
2---7.42 Å20 Å2
3----14.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4055 0 28 367 4450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 36 7.3 %
Rwork0.306 460 -
all-496 -
obs-496 58.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramamp.top
X-RAY DIFFRACTION3amp.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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