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- PDB-1ba3: FIREFLY LUCIFERASE IN COMPLEX WITH BROMOFORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ba3
タイトルFIREFLY LUCIFERASE IN COMPLEX WITH BROMOFORM
要素LUCIFERASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIBROMOMETHANE / Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Franks, N.P. / Jenkins, A. / Conti, E. / Lieb, W.R. / Brick, P.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for the inhibition of firefly luciferase by a general anesthetic.
著者: Franks, N.P. / Jenkins, A. / Conti, E. / Lieb, W.R. / Brick, P.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: Structural Basis for the Activation of Phenylalanine in the Non-Ribosomal Biosynthesis of Gramicidin S
著者: Conti, E. / Stachelhaus, T. / Marahiel, M.A. / Brick, P.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Firefly Luciferase Throws Light on a Superfamily of Adenylate-Forming Enzymes
著者: Conti, E. / Franks, N.P. / Brick, P.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of Firefly Luciferase from Photinus Pyralis
著者: Conti, E. / Lloyd, L.F. / Akins, J. / Franks, N.P. / Brick, P.
履歴
登録1998年4月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUCIFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3243
ポリマ－60,8191
非ポリマー5052
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.560, 119.560, 95.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 LUCIFERASE


分子量: 60818.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photinus pyralis (ホタル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase
#2: 化合物 ChemComp-MBR / TRIBROMOMETHANE / ブロモホルム


分子量: 252.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHBr3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 283 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.8
詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG ...詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL., microbatch under oil, temperature 283K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Conti, E., (1996) Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 876.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
2200 mMammonium sulfate1drop
31 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
510 %glycerol1drop
625 %ethylene glycol1drop
725 mMTris1drop
8500-540 mMlithium sulfate1reservoir
926 %(w/v)PEG80001reservoir
10100 mMTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Y / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→18.4 Å / Num. obs: 35038 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 109681
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCI

1lci


解像度: 2.2→18.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1737 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 35006 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 18.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 8 353 4491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.261.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.422
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.542
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.832.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 223 5 %
Rwork0.29 223 -
obs--97.11 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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