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- PDB-3e7k: Crystal Structure of an antiparallel coiled-coil tetramerization ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7k
タイトルCrystal Structure of an antiparallel coiled-coil tetramerization domain from TRPM7 channels
要素TRPM7 channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Coiled-coil / antiparallel / Ion Channel / Assembly domain / TRPM channel / TRPM7
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / monoatomic cation homeostasis / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity ...intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / monoatomic cation homeostasis / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle / protein tetramerization / calcium channel activity / memory / synaptic vesicle membrane / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain ...TRPM, tetramerisation domain / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ion transport domain / Ion transport protein / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Fujiwara, Y. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of a TRPM assembly domain reveals an antiparallel four-stranded coiled-coil.
著者: Fujiwara, Y. / Minor, D.L.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRPM7 channel
B: TRPM7 channel
C: TRPM7 channel
D: TRPM7 channel
E: TRPM7 channel
F: TRPM7 channel
G: TRPM7 channel
H: TRPM7 channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0338
ポリマ－50,0338
非ポリマー00
水5,332296
1
A: TRPM7 channel
B: TRPM7 channel
C: TRPM7 channel
D: TRPM7 channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0164
ポリマ－25,0164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
2
E: TRPM7 channel
F: TRPM7 channel
G: TRPM7 channel
H: TRPM7 channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0164
ポリマ－25,0164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.258, 35.674, 100.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
TRPM7 channel


分子量: 6254.092 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 解説: 'GAGS' IS AN EXPRESSION TAG / プラスミド: pSV272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q925B3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, 5-10% Isopropanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28234 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.331
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Num. unique all: 2456 / Χ2: 0.928 / % possible all: 85.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.36 Å
Translation2.5 Å41.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.263 / WRfactor Rwork: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.797 / SU B: 10.415 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / SU Rfree: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1436 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 28201 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.58 Å2 / Biso mean: 27.493 Å2 / Biso min: 11.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å21.46 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 0 296 3668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.9684553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74324.323155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7915668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1931532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.77622127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.87533446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45121261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.79131107
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.061 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 74 -
Rwork0.234 1550 -
all-1624 -
obs--77.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6776-6.56822.09287.0577-1.9730.7147-0.1796-0.13540.12340.25410.1702-0.2015-0.0459-0.06260.0094-0.0755-0.03110.0093-0.0490.0005-0.0639-14.774911.4282-27.1146
25.7254-7.18483.89419.8701-5.32732.9387-0.1396-0.0726-0.06110.26940.14480.2658-0.0998-0.1042-0.0052-0.0644-0.01560.0234-0.0632-0.0198-0.0652-22.05558.6389-31.0951
32.5602-5.07322.216210.1638-4.49172.10550.18380.09440.0499-0.3627-0.2066-0.11540.19620.09070.0227-0.0467-0.01810.0244-0.04540.0082-0.0129-16.45016.4325-36.9444
43.7331-5.79010.90869.986-1.57140.43510.0617-0.00160.1345-0.1925-0.0298-0.17890.05370.0257-0.0319-0.0526-0.02110.0088-0.0551-0.0205-0.0518-12.817813.3429-34.881
58.90879.34090.738810.02750.57360.2344-0.12030.22480.0257-0.15850.19140.1459-0.06030.0073-0.0711-0.04840.00910.0134-0.02010.0021-0.0559-33.070129.012-15.1429
67.90588.30424.03239.52774.74642.4473-0.14030.1622-0.1892-0.20280.2529-0.3013-0.08390.0988-0.1126-0.04620.01170.0006-0.00570.0157-0.0892-25.292326.0782-12.8766
73.20525.70531.599910.75113.03180.9620.2126-0.1217-0.02860.3562-0.187-0.01840.113-0.0838-0.0256-0.04130.01070.03020.0037-0.0163-0.0416-29.425924.2159-6.0878
84.00166.24320.095710.46490.01220.07290.0975-0.020.16190.3471-0.02920.2585-0.0084-0.0594-0.0683-0.03970.0280.0242-0.0036-0.0097-0.0713-33.251431.1997-7.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 545 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 545 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 545 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4DD5 - 545 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5EE5 - 545 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6FF5 - 545 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7GG5 - 545 - 54
8X-RAY DIFFRACTION8HH5 - 545 - 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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