+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e6k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of Human Arginase I: the mutant D183A in complex with ABH | ||||||
![]() | Arginase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / mutant D183 / amino acid recognition / ABH / Alternative splicing / Arginine metabolism / Cytoplasm / Disease mutation / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Urea cycle | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the specificity determinants of amino acid recognition by arginase. 著者: Shishova, E.Y. / Di Costanzo, L. / Emig, F.A. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 482.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34735.871 Da / 分子数: 2 / 変異: D183A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein buffer: 50 mM bicine; pH 8,5; 0.1 mM MnCl2; 1.4 mM ABH. Resevoir:12-25% (wt/vol) jeffamine ED-2001; 0.1 M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36884 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3717 / % possible all: 99.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2aeb 解像度: 2.1→45.38 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The deposited structure factors are untwinned and have been used as such during refinement. Twinning fraction = 0.5 and twinning operator: -H, -K, L.
| ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.38 Å
| ||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.266 |